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- PDB-5ykj: Structural basis of the thiol resolving mechanism in yeast mitoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ykj
タイトルStructural basis of the thiol resolving mechanism in yeast mitochondrial 1-Cys peroxiredoxin via glutathione/thioredoxin systems
要素Peroxiredoxin PRX1, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Saccharomyces cerevisiae / 1-Cys Peroxiredoxin / Thioredoxin / glutathione
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaredoxin-dependent peroxiredoxin / glutathione-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Neutrophil degranulation / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin PRX1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Li, C.C. / Yang, J. / Yang, M.J. / Liu, L. / Peng, C.T. / Li, T. / He, L.H. / Song, Y.J. / Zhu, Y.B. / Zhao, N.L. ...Li, C.C. / Yang, J. / Yang, M.J. / Liu, L. / Peng, C.T. / Li, T. / He, L.H. / Song, Y.J. / Zhu, Y.B. / Zhao, N.L. / Zhao, C. / Bao, R.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis of the thiol resolving mechanism in yeast mitochondrial 1-Cys peroxiredoxin via glutathione/thioredoxin systems
著者: Li, C.C. / Yang, J. / Yang, M.J. / Liu, L. / Peng, C.T. / Li, T. / He, L.H. / Song, Y.J. / Zhu, Y.B. / Zhao, N.L. / Zhao, C. / Bao, R.
履歴
登録2017年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.unpublished_flag
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin PRX1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2723
ポリマ－24,1571
非ポリマー1152
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.030, 84.030, 62.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-591-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin PRX1, mitochondrial / Prx / 1-Cys PRX / Mitochondrial thiol peroxidase / mTPx / Thioredoxin peroxidase


分子量: 24156.521 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRX1, YBL064C, YBL0503, YBL0524 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P34227, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 23% (W/V) PEG-2000 MME ,100mM Tris base/Hydrochloric acid pH 4.7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97022 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97022 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→43.2 Å / Num. obs: 34456 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 22.5 % / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 14.24
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / Num. unique obs: 3385 / Rsym value: 0.739 / % possible all: 99.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.53→43.156 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 17.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 2000 5.81 %
Rwork0.1784 --
obs0.1793 34452 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→43.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 7 229 1932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0311756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9822384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.093650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.154269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5303-1.56860.32951400.3192274X-RAY DIFFRACTION100
1.5686-1.6110.29591410.2962274X-RAY DIFFRACTION100
1.611-1.65840.26941380.28142265X-RAY DIFFRACTION100
1.6584-1.71190.30911410.25582285X-RAY DIFFRACTION100
1.7119-1.77310.26831420.23692292X-RAY DIFFRACTION100
1.7731-1.84410.25041410.21292292X-RAY DIFFRACTION100
1.8441-1.9280.22511410.18022282X-RAY DIFFRACTION100
1.928-2.02970.17221410.15772301X-RAY DIFFRACTION100
2.0297-2.15690.19151430.15352314X-RAY DIFFRACTION100
2.1569-2.32340.15181430.14022320X-RAY DIFFRACTION100
2.3234-2.55720.14791440.14142325X-RAY DIFFRACTION100
2.5572-2.92710.1821430.1482341X-RAY DIFFRACTION100
2.9271-3.68760.15491480.14482382X-RAY DIFFRACTION100
3.6876-43.1730.16231540.16852505X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.629-0.005-0.24660.6487-0.05060.7104-0.0306-0.0696-0.08660.0031-0.0117-0.08350.12870.0440.0330.09910.0114-0.00580.07460.01960.09725.50758.36359.6176
21.20010.9753-0.40712.5044-0.52411.02790.0337-0.2142-0.08360.152-0.12030.08090.07670.0810.05690.10570.025600.1350.02770.112222.56967.456621.2037
31.681-0.16940.36622.05870.01971.3934-0.0572-0.33070.16340.2345-0.06350.1594-0.28180.00630.09180.1077-0.0184-0.00330.1355-0.00930.127228.038924.046813.7271
40.5252-0.20780.28290.4258-0.04551.00480.04340.0667-0.0495-0.0706-0.0334-0.01570.19050.0405-0.00090.11420.00190.01580.0666-0.00460.084518.73397.5114-6.1109
52.8447-0.6974-0.31783.2439-0.30271.53860.06470.1493-0.17260.0917-0.01020.0490.3793-0.0064-0.09530.17850.0325-0.01160.0929-0.0420.113112.16113.1524-24.297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 169 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 170 through 245 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 246 through 260 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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