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- PDB-5ykh: Crystal structure of the engineered nine-repeat PUF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ykh
タイトルCrystal structure of the engineered nine-repeat PUF domain
要素Pumilio homolog 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PUF repeats / engineered protein / RNA recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of RIG-I signaling pathway / regulation of chromosome segregation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of RIG-I signaling pathway / regulation of chromosome segregation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / mRNA destabilization / regulation of mRNA stability / adult locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / stem cell differentiation / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / spermatogenesis / regulation of cell cycle / axon / RNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Pumilio homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.457 Å
データ登録者Zhao, Y.Y. / Wang, J. / Li, H.T. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502004 中国
National Science Foundation (China)31621063 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Expanding RNA binding specificity and affinity of engineered PUF domains.
著者: Zhao, Y.Y. / Mao, M.W. / Zhang, W.J. / Wang, J. / Li, H.T. / Yang, Y. / Wang, Z. / Wu, J.W.
履歴
登録2017年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pumilio homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3474
ポリマ－48,0621
非ポリマー2853
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein is monomeric in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.052, 32.935, 61.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Pumilio homolog 1 / Pumilio-1


分子量: 48061.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is an engineered protein, which is made up of fragments of the RNA binding domain (PUF domain) of human Pumilio1 (Uniprot No. Q14671).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUM1, KIAA0099, PUMH1 / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14671
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.25M NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 14533 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 41.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 745 / Rpim(I) all: 0.181 / Rrim(I) all: 0.495 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M8Z

1m8z


解像度: 2.457→33.617 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.61
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 715 4.93 %Random selection
Rwork0.2133 ---
obs0.2155 14491 98.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.457→33.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3098 0 15 71 3184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4354266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8481931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4569-2.64650.34391380.25372749X-RAY DIFFRACTION100
2.6465-2.91270.35361390.26732747X-RAY DIFFRACTION98
2.9127-3.33390.29211420.24772779X-RAY DIFFRACTION100
3.3339-4.19910.23191670.19782641X-RAY DIFFRACTION96
4.1991-33.61990.21451290.18532860X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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