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- PDB-5yjh: Structural insights into periostin functions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yjh
タイトルStructural insights into periostin functions
要素Periostin
キーワードCELL ADHESION / tissue regeneration
機能・相同性
機能・相同性情報


bone regeneration / cellular response to vitamin K / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / tissue development / regulation of Notch signaling pathway / regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neuron projection extension / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to muscle activity ...bone regeneration / cellular response to vitamin K / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / tissue development / regulation of Notch signaling pathway / regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neuron projection extension / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to muscle activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / negative regulation of cell-matrix adhesion / response to mechanical stimulus / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / extracellular matrix / trans-Golgi network / neuromuscular junction / cellular response to tumor necrosis factor / response to estradiol / heparin binding / : / response to hypoxia / cell adhesion / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / : / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.957 Å
データ登録者Liu, H. / Liu, J. / Xu, F.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural characterizations of human periostin dimerization and cysteinylation.
著者: Liu, J. / Zhang, J. / Xu, F. / Lin, Z. / Li, Z. / Liu, H.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periostin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,64133
ポリマ－69,5761
非ポリマー1,06632
水2,954164
1
A: Periostin
ヘテロ分子

A: Periostin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,28266
ポリマ－139,1512
非ポリマー2,13164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
Buried area10130 Å2
ΔGint-568 kcal/mol
Surface area54530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.529, 105.529, 330.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-960-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Periostin / PN / Osteoblast-specific factor 2 / OSF-2


分子量: 69575.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-631 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POSTN, OSF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15063

-
非ポリマー , 6種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate. Sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.957→50 Å / Num. obs: 22983 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.131 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 1.32 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.957→3.01 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1117 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.295 / Rrim(I) all: 0.626 / Rsym value: 0.413 / Χ2: 1.046 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LTB

2ltb


解像度: 2.957→44.041 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1146 5.01 %
Rwork0.2134 --
obs0.2148 22879 96.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.957→44.041 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4603 0 32 164 4799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.616347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1431773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9566-3.09110.35911330.29912662X-RAY DIFFRACTION96
3.0911-3.2540.28791240.2832668X-RAY DIFFRACTION97
3.254-3.45780.3071480.24912651X-RAY DIFFRACTION97
3.4578-3.72470.26811420.22852698X-RAY DIFFRACTION97
3.7247-4.09930.22851570.20692696X-RAY DIFFRACTION97
4.0993-4.69190.19731500.16852711X-RAY DIFFRACTION96
4.6919-5.9090.20931500.18952773X-RAY DIFFRACTION96
5.909-44.04590.22931420.20572874X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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