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万見
- PDB-5yi4: Solution Structure of the DISC1/Ndel1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yi4
タイトルSolution Structure of the DISC1/Ndel1 complex
要素Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Nuclear distribution protein nudE-like 1
キーワードPROTEIN BINDING / DISC1 / Ndel1 / coiled coil / psychiatric disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


neurofilament cytoskeleton / pyramidal neuron migration to cerebral cortex / central nervous system neuron axonogenesis / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cell proliferation in forebrain / radial glia-guided pyramidal neuron migration / central region of growth cone / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / mitochondrial calcium ion homeostasis ...neurofilament cytoskeleton / pyramidal neuron migration to cerebral cortex / central nervous system neuron axonogenesis / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cell proliferation in forebrain / radial glia-guided pyramidal neuron migration / central region of growth cone / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / mitochondrial calcium ion homeostasis / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cerebral cortex radially oriented cell migration / regulation of dendritic spine development / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / nuclear membrane disassembly / neurofilament cytoskeleton organization / axon hillock / lysosome localization / regulation of synapse maturation / intermediate filament cytoskeleton / non-motile cilium assembly / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / vesicle transport along microtubule / mitotic centrosome separation / dynein complex / protein localization to centrosome / regulation of postsynapse organization / retrograde axonal transport / kinesin complex / positive regulation of ruffle assembly / neuron projection extension / microtubule associated complex / centrosome localization / inner cell mass cell proliferation / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of intracellular protein transport / positive regulation of neuroblast proliferation / ciliary base / regulation of neuron projection development / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / cell leading edge / TOR signaling / microtubule organizing center / response to electrical stimulus / kinesin binding / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / alpha-tubulin binding / positive regulation of axon extension / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / beta-tubulin binding / axon cytoplasm / chromosome segregation / positive regulation of neuron projection development / neuron cellular homeostasis / GABA-ergic synapse / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / synaptic vesicle / intracellular protein localization / insulin receptor signaling pathway / nuclear envelope / cell migration / cell body / ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule binding / molecular adaptor activity / microtubule / postsynaptic density / ciliary basal body / axon / centrosome / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDE domain / Disrupted in schizophrenia 1 / NUDE family / NUDE protein, C-terminal conserved region
類似検索 - ドメイン・相同性
Disrupted in schizophrenia 1 homolog / Nuclear distribution protein nudE-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ye, F. / Yu, C. / Yu, C. / Zhang, M.
資金援助 香港, 中国, 5件
組織認可番号国
RGC664113 香港
RGC16103614 香港
RGCAoE-M09-12 香港
RGCT13-607/12R 香港
Minister of Science and Technology of China2014CB910204 中国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2017
タイトル: DISC1 Regulates Neurogenesis via Modulating Kinetochore Attachment of Ndel1/Nde1 during Mitosis.
著者: Ye, F. / Kang, E. / Yu, C. / Qian, X. / Jacob, F. / Yu, C. / Mao, M. / Poon, R.Y.C. / Kim, J. / Song, H. / Ming, G.L. / Zhang, M.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Nuclear distribution protein nudE-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4551
ポリマ－15,4551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11450 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Nuclear distribution protein nudE-like 1 / Protein mNudE-like / mNudE-L


分子量: 15455.417 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 765-852,UNP residues 238-284 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Disc1, Ndel1, Nudel
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q811T9, UniProt: Q9ERR1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114anisotropic22D 1H-1H NOESY
121isotropic23D 1H-13C NOESY
132isotropic23D 1H-15N NOESY
143isotropic23D CBCA(CO)NH
153isotropic23D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 100% D2O13C and 15N sample100% D2O
solution30.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 90% H2O/10% D2O13C and 15N sample in H2O90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solid40.8 mM no labelling DISC1_Ndel1, 100% D2Ono labelling100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMDISC1_Ndel1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.8 mMDISC1_Ndel1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.8 mMDISC1_Ndel1[U-99% 15N]2
0.8 mMDISC1_Ndel1no labelling4
試料状態イオン強度: 50 NaCl mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 Pa / Pressure err: 0.01 / 温度: 303 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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