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万見
- PDB-5yhw: Crystal structure of Pig SAMHD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhw
タイトルCrystal structure of Pig SAMHD1
要素Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
キーワードHYDROLASE / Pig-SAMHD1
機能・相同性
機能・相同性情報


Nucleotide catabolism / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes ...Nucleotide catabolism / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / defense response to virus / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. / HD/PDEase domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Qin, X.H. / Kong, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31400465 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural characterization and directed modification of Sus scrofa SAMHD1 reveal the mechanism underlying deoxynucleotide regulation.
著者: Kong, J. / Wang, M.M. / He, S.Y. / Peng, X. / Qin, X.H.
履歴
登録2017年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,74748
ポリマ－486,1868
非ポリマー12,56140
水77543
1
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,37424
ポリマ－243,0934
非ポリマー6,28120
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26790 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area54390 Å2
手法PISA
2
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,37424
ポリマ－243,0934
非ポリマー6,28120
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26900 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area54530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.540, 95.909, 130.749
Angle α, β, γ (deg.)78.66, 88.12, 82.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1


分子量: 60773.254 Da / 分子数: 8 / 変異: H206R,D207N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SAMHD1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: I3LG77
#2: 化合物...
ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 108746 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.7871 Å / 冗長度: 3.2 % / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PHENIX(1.10.1_2155)データ削減
PHENIX(1.10.1_2155)データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZC

4bzc


解像度: 2.7→29.944 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 46.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2904 1493 1.37 %
Rwork0.2631 --
obs0.2635 108746 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26154 0 760 43 26957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00427572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65937551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.15515945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464059
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.78710.38622000.359662X-RAY DIFFRACTION96
2.7871-2.88660.32561000.34759643X-RAY DIFFRACTION96
2.8866-3.00210.3513990.33399863X-RAY DIFFRACTION97
3.0021-3.13860.41242000.31919711X-RAY DIFFRACTION97
3.1386-3.30390.28891000.29679899X-RAY DIFFRACTION98
3.3039-3.51060.32611000.28019902X-RAY DIFFRACTION98
3.5106-3.78110.31161990.25759832X-RAY DIFFRACTION98
3.7811-4.16080.2351000.23489970X-RAY DIFFRACTION99
4.1608-4.76070.2505980.21989901X-RAY DIFFRACTION98
4.7607-5.99020.24581970.23489830X-RAY DIFFRACTION98
5.9902-29.9440.25551000.23439040X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.0476 Å / Origin y: 13.1106 Å / Origin z: 81.0853 Å
111213212223313233
T0.2804 Å2-0.0319 Å20.1213 Å2-0.3618 Å2-0.1265 Å2--0.526 Å2
L0.4185 °2-0.0038 °20.141 °2-0.3614 °2-0.15 °2--0.5951 °2
S0.058 Å °-0.028 Å °0.0965 Å °0.0494 Å °-0.0078 Å °0.056 Å °-0.0907 Å °0.0464 Å °-0.0406 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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