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- PDB-5yhu: Crystal structure of the DNA-binding domain of human myelin-gene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhu
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of human myelin-gene regulatory factor
要素Myelin regulatory factor
キーワードTRANSCRIPTION / myelingene regulatory factor / DNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / peptidase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / peptidase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / Myelin gene regulatory factor, ICA domain / Myelin regulatory factor ICA domain / Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain ...Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / Myelin gene regulatory factor, ICA domain / Myelin regulatory factor ICA domain / Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin regulatory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chen, B. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure of the DNA-binding domain of human myelin-gene regulatory factor reveals its potential protein-DNA recognition mode.
著者: Chen, B. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.
履歴
登録2017年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myelin regulatory factor
B: Myelin regulatory factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7052
ポリマ－57,7052
非ポリマー00
水5,044280
1
A: Myelin regulatory factor

A: Myelin regulatory factor

A: Myelin regulatory factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5573
ポリマ－86,5573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
2
B: Myelin regulatory factor

B: Myelin regulatory factor

B: Myelin regulatory factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5573
ポリマ－86,5573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.122, 105.122, 297.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

21A-647-

HOH

31A-748-

HOH

41A-753-

HOH

51A-790-

HOH

61A-843-

HOH

71A-844-

HOH

81B-609-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Myelin regulatory factor / Myelin gene regulatory factor


分子量: 28852.494 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYRF, C11orf9, KIAA0954, MRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2G1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM Calcium acetate, 100mM Tris-HCl pH 7.1, 19% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→34.2 Å / Num. obs: 54003 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル最高解像度: 1.85 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→34.181 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 2746 5.08 %
Rwork0.2039 --
obs0.2051 54003 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 0 280 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9484202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1581881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.88190.3391230.29442446X-RAY DIFFRACTION96
1.8819-1.91610.37061470.33282477X-RAY DIFFRACTION99
1.9161-1.9530.35061380.29782541X-RAY DIFFRACTION100
1.953-1.99290.22721410.23432562X-RAY DIFFRACTION100
1.9929-2.03620.24991440.2122570X-RAY DIFFRACTION100
2.0362-2.08350.21751280.21072543X-RAY DIFFRACTION100
2.0835-2.13560.21671410.21172539X-RAY DIFFRACTION100
2.1356-2.19340.26981390.21232595X-RAY DIFFRACTION100
2.1934-2.25790.25781420.23552524X-RAY DIFFRACTION100
2.2579-2.33080.24371220.23272599X-RAY DIFFRACTION100
2.3308-2.4140.25571320.22032510X-RAY DIFFRACTION98
2.414-2.51070.24631370.2292546X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.62490.251410.21252584X-RAY DIFFRACTION100
2.6249-2.76320.22691370.222582X-RAY DIFFRACTION100
2.7632-2.93630.261350.22772566X-RAY DIFFRACTION100
2.9363-3.16280.22791570.20782573X-RAY DIFFRACTION100
3.1628-3.48080.21871370.19862556X-RAY DIFFRACTION98
3.4808-3.98390.22851360.18532598X-RAY DIFFRACTION99
3.9839-5.01670.16611470.1592639X-RAY DIFFRACTION100
5.0167-34.18710.22121220.19592707X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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