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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yhu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the DNA-binding domain of human myelin-gene regulatory factor | ||||||
![]() | Myelin regulatory factor | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / myelingene regulatory factor / DNA-binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / peptidase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / peptidase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, B. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the DNA-binding domain of human myelin-gene regulatory factor reveals its potential protein-DNA recognition mode. 著者: Chen, B. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28852.494 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y2G1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 200mM Calcium acetate, 100mM Tris-HCl pH 7.1, 19% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→34.2 Å / Num. obs: 54003 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.85 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.181 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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