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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yho | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetolactate decarboxylase from Enterobacter cloacae | ||||||
要素 | Alpha-acetolactate decarboxylase | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / acetolactate decarboxylase Enterobacter cloacae | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetolactate decarboxylase / acetoin biosynthetic process / acetolactate decarboxylase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella aerogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å | ||||||
データ登録者 | Ji, F.L. / Li, M.Y. / Feng, Y.B. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of acetolactate decarboxylase from Enterobacter cloacae 著者: Ji, F.L. / Li, M.Y. / Feng, Y.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yho.cif.gz | 108.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yho.ent.gz | 82.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yho.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yho_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yho_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5yho_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yho_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yho | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26712.807 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-260 / 変異: K24Q, D47E, A114T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア) 遺伝子: budA, aldC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05361, acetolactate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.03 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate pH4.5 3.0M Sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.401→47.27 Å / Num. obs: 16057 / % possible obs: 97.69 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 23.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.401→47.27 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.44
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.401→47.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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