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- PDB-5yhj: Cytochrome P450EX alpha (CYP152N1) wild-type with myristic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhj
タイトルCytochrome P450EX alpha (CYP152N1) wild-type with myristic acid
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fatty Acid Peroxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MYRISTIC ACID / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Exiguobacterium sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Onoda, H. / Shoji, O. / Suzuki, K. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16J02846 日本
The Ministry of Education,Culture,Sports,Science and Technology(MEXT)15H05806 日本
The Ministry of Education,Culture,Sports,Science and Technology(MEXT)17H03087 日本
引用ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2017
タイトル: Alpha-Oxidative Decarboxylation of Fatty Acids Catalysed by Cytochrome P450 Peroxygenases Yielding Shorter-Alkyl-Chain Fatty Acids
著者: Onoda, H. / Shoji, O. / Suzuki, K. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0166
ポリマ－95,3262
非ポリマー1,6904
水1,06359
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5083
ポリマ－47,6631
非ポリマー8452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5083
ポリマ－47,6631
非ポリマー8452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area32800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.962, 58.962, 238.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 47663.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Exiguobacterium sp. (strain ATCC BAA-1283 / AT1b) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1283 / AT1b / 遺伝子: EAT1b_2299 / プラスミド: pQE30t-CYP152N1
詳細 (発現宿主): Thrombin_cleavage_site-BamHI-CYP152N1-ter-HindII
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: C4L2G9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 uL Protein solution (16 mg/ml CYP152N1, 0.05 M MES buffer pH 7.0, 20% v/v Glycerol) and 1 uL (0.1M Tris-HCl buffer pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride, 30% w/v polyethylene glycol 4000 (Pre- ...詳細: 1 uL Protein solution (16 mg/ml CYP152N1, 0.05 M MES buffer pH 7.0, 20% v/v Glycerol) and 1 uL (0.1M Tris-HCl buffer pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride, 30% w/v polyethylene glycol 4000 (Pre-Crystallization Test Reagent A2, Hampton Research)
PH範囲: 7.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 35823 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 36.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.094 / Net I/av σ(I): 29.79 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.386.70.335.0936220.9810.1360.3571.026100
2.38-2.486.80.2466.6235680.990.1020.2671.012100
2.48-2.596.80.1899.4235870.9940.0780.2051.094100
2.59-2.736.80.14611.7535630.9940.060.1581.071100
2.73-2.96.80.10815.4335920.9960.0450.1171.056100
2.9-3.126.80.07520.8236120.9980.0310.0811.04499.9
3.12-3.436.80.05329.2235740.9990.0220.0571.059100
3.43-3.936.80.0393836010.9990.0160.0421.15799.9
3.93-4.936.70.03145.7835960.9990.0130.0341.22899.4
4.93-206.60.03344.7135080.9990.0140.0361.19296.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.746 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 1986 5.56 %
Rwork0.2142 --
obs0.2161 35736 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.6 Å2 / Biso mean: 57.8494 Å2 / Biso min: 19.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6657 0 118 59 6834
Biso mean--49.89 42.99 -
残基数----817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0489415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052995
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5214122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2991-2.35650.3441410.27982425256699
2.3565-2.42010.31061390.265623682507100
2.4201-2.49120.29661400.248424282568100
2.4912-2.57150.35031510.239124172568100
2.5715-2.66320.27661420.240924172559100
2.6632-2.76950.28041430.240724012544100
2.7695-2.89520.3081410.237924242565100
2.8952-3.04730.23211420.234824042546100
3.0473-3.23750.29761380.230524462584100
3.2375-3.48620.24091460.228524272573100
3.4862-3.83470.26071400.202124072547100
3.8347-4.38430.19181390.182324352574100
4.3843-5.50380.21191420.1792410255299
5.5038-19.74650.22361420.20822341248396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75570.6407-1.54790.80670.62733.8825-0.38730.5086-0.3384-0.04250.00830.08751.7018-0.61870.27840.7841-0.30390.06340.3981-0.06470.39284.84341.0395-17.7568
22.26482.0151-0.05942.5764-1.10156.0719-0.5039-0.6116-0.4629-0.29630.0911-0.11512.2515-0.44760.27881.1201-0.25060.23050.08560.06410.4665-0.7703-7.686610.0766
33.28021.0383-1.47220.611-0.20726.3164-0.34150.67410.2802-0.06130.35610.33970.3951-0.86230.06770.3044-0.1258-0.03120.32660.04220.3705-1.56939.5976-3.0726
43.91950.4386-1.77552.15830.5726.4323-0.1117-0.78540.14560.2313-0.13010.03450.49220.73670.23690.2413-0.0222-0.02630.3176-0.0170.336812.668613.962610.8509
51.42010.66490.65861.7215-1.51082.9189-0.05420.12050.03060.4126-0.3287-0.3455-0.60031.57920.28350.4216-0.2916-0.07420.8120.06560.426528.402624.5795-7.2575
62.72471.493-1.39643.1981-0.24885.99020.1338-0.5077-0.1943-0.2489-0.4343-0.6589-0.19172.15470.14540.1268-0.1390.03141.0340.1750.457135.574229.1856-33.9495
70.48830.9101-0.36083.2512-1.90296.09320.4082-0.12980.34840.769-0.37870.2941-1.0790.05950.03280.4312-0.12510.07420.2685-0.07160.392917.721932.1551-19.8939
82.6740.28581.09164.3142-2.01917.4402-0.05830.24610.1057-0.81440.00430.08150.67850.42180.16060.3214-0.01220.00430.3007-0.00530.315715.481416.7977-35.8816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 88 )A2 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 226 )A89 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 227 through 377 )A227 - 377
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 378 through 412 )A378 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 88 )B2 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 89 through 257 )B89 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 258 through 377 )B258 - 377
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 378 through 412 )B378 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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