+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ygr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of PLP bound Diaminopropionate ammonia lyase from Salmonella typhimurium | ||||||
![]() | (Diaminopropionate ammonia ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / dimer / internal aldimine | ||||||
機能・相同性 | ![]() diaminopropionate ammonia-lyase / diaminopropionate ammonia-lyase activity / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Geeta, D. / Shveta, B. / Shavithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparative structural and enzymatic studies on Salmonella typhimurium diaminopropionate ammonia lyase reveal its unique features 著者: Deka, G. / Bisht, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 308 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 241.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 506.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 531.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 87.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4d9gS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _
NCSアンサンブル:
|
-
要素
-Diaminopropionate ammonia ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 44426.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: ygeX / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40817*PLUS, diaminopropionate ammonia-lyase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 45497.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: ygeX / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40817*PLUS, diaminopropionate ammonia-lyase |
-非ポリマー , 4種, 603分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / 解説: Thin plate like crystals |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) 2-propanol, 100mM sodium citrate pH 5.6, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si(III) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.956 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→77.16 Å / Num. obs: 58141 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8417 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.33 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4D9G 解像度: 2.5→77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 13.51 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.533 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→77 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|