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- PDB-4d9n: Crystal structure of Diaminopropionate ammonia lyase from Escheri... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d9n | ||||||
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Title | Crystal structure of Diaminopropionate ammonia lyase from Escherichia coli in complex with D-serine | ||||||
![]() | Diaminopropionate ammonia-lyase | ||||||
![]() | LYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes superfamily | ||||||
Function / homology | ![]() diaminopropionate ammonia-lyase / diaminopropionate ammonia-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bisht, S. / Rajaram, V. / Bharath, S.R. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Escherichia coli Diaminopropionate Ammonia-lyase Reveals Mechanism of Enzyme Activation and Catalysis Authors: Bisht, S. / Rajaram, V. / Bharath, S.R. / Kalyani, J.N. / Khan, F. / Rao, A.N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 249.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 459.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 463.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d9gC ![]() 4d9iSC ![]() 4d9kC ![]() 4d9mC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43600.535 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P66899, diaminopropionate ammonia-lyase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 20% PEG 3350, 70mM magnesium chloride, 50mM lithium sulfate, 6mM sodium citrate, 40mM tris HCl pH 8.3. Crystals were soaked with 10mM D-ser in crystallization condition for 10 hrs before ...Details: 20% PEG 3350, 70mM magnesium chloride, 50mM lithium sulfate, 6mM sodium citrate, 40mM tris HCl pH 8.3. Crystals were soaked with 10mM D-ser in crystallization condition for 10 hrs before data collection., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 29, 2010 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: osmic mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54179 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 27635 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 31.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1311 / % possible all: 97.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4D9I Resolution: 2.5→45.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 22.865 / SU ML: 0.255 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.977 / ESU R Free: 0.328 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.121 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→45.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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