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万見
- PDB-5yf4: A kinase complex MST4-MOB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yf4
タイトルA kinase complex MST4-MOB4
要素
  • MOB-like protein phocein
  • Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26
キーワードPROTEIN BINDING / Kinase / Complex / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


microvillus assembly / FAR/SIN/STRIPAK complex / vesicle membrane / Golgi cisterna membrane / Golgi-associated vesicle / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of hippo signaling / negative regulation of cell migration / cellular response to starvation / cell periphery ...microvillus assembly / FAR/SIN/STRIPAK complex / vesicle membrane / Golgi cisterna membrane / Golgi-associated vesicle / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of hippo signaling / negative regulation of cell migration / cellular response to starvation / cell periphery / protein autophosphorylation / cellular response to oxidative stress / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynapse / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MST4, kinase domain / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Protein kinase domain ...MST4, kinase domain / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase 26 / MOB-like protein phocein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.897 Å
データ登録者Chen, M. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The MST4-MOB4 complex disrupts the MST1-MOB1 complex in the Hippo-YAP pathway and plays a pro-oncogenic role in pancreatic cancer.
著者: Chen, M. / Zhang, H. / Shi, Z. / Li, Y. / Zhang, X. / Gao, Z. / Zhou, L. / Ma, J. / Xu, Q. / Guan, J. / Cheng, Y. / Jiao, S. / Zhou, Z.C.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOB-like protein phocein
B: Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1604
ポリマ－21,0292
非ポリマー1312
水1,35175
1
A: MOB-like protein phocein
B: Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26
ヘテロ分子

A: MOB-like protein phocein
B: Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3198
ポリマ－42,0584
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.469, 33.997, 61.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MOB-like protein phocein / 2C4D / Class II mMOB1 / Mob1 homolog 3 / Mob3 / Mps one binder kinase activator-like 3 / ...2C4D / Class II mMOB1 / Mob1 homolog 3 / Mob3 / Mps one binder kinase activator-like 3 / Preimplantation protein 3


分子量: 18938.725 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 53-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOB4, MOB3, MOBKL3, PHOCN, PREI3, CGI-95 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q9Y3A3
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26 / MST3 and SOK1-related kinase / Mammalian STE20-like protein kinase 4 / STE20-like kinase MST4 / ...MST3 and SOK1-related kinase / Mammalian STE20-like protein kinase 4 / STE20-like kinase MST4 / Serine/threonine-protein kinase MASK


分子量: 2090.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9P289, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.897→50 Å / Num. obs: 12086 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.897→1.965 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Num. unique obs: 1123 / CC1/2: 0.715 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.881 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.897→30.038 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The number of reflections containing anomalous reflections used in refinement is 18533. Non-anomalous reflections in data collection and refinement are 12086 and 12079 respectively.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 1865 10.06 %
Rwork0.1527 --
obs0.1572 12079 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.897→30.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 2 75 1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2461589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.527912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.897-1.94830.2598840.2432757X-RAY DIFFRACTION48
1.9483-2.00560.242900.2134823X-RAY DIFFRACTION50
2.0056-2.07030.2168950.1905847X-RAY DIFFRACTION52
2.0703-2.14430.21271030.1749912X-RAY DIFFRACTION55
2.1443-2.23010.16891150.15591020X-RAY DIFFRACTION62
2.2301-2.33160.17371380.14011252X-RAY DIFFRACTION77
2.3316-2.45450.19071650.1441428X-RAY DIFFRACTION88
2.4545-2.60820.19011850.15581607X-RAY DIFFRACTION96
2.6082-2.80940.21121760.16271548X-RAY DIFFRACTION96
2.8094-3.09190.23351790.16471631X-RAY DIFFRACTION99
3.0919-3.53870.18821740.14451617X-RAY DIFFRACTION99
3.5387-4.4560.21781770.13181607X-RAY DIFFRACTION98
4.456-30.0420.16641840.14971619X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.98430.93971.97582.12760.47484.28940.51810.803-0.9547-0.8494-0.10830.3730.98590.2336-0.35320.50240.0402-0.13670.273-0.04450.3596-0.7868.13017.9558
23.86310.88390.61265.7028-0.76233.2152-0.0047-0.17250.04890.41720.01360.2876-0.1409-0.0402-0.01250.1262-0.00150.01560.1227-0.01030.1125-0.255912.094626.7066
33.55090.0667-0.26562.9192-0.63413.03860.020.2839-0.3592-0.34020.03160.34640.3105-0.2644-0.0190.1463-0.0087-0.03070.1107-0.00990.1496-3.9039.524616.4
41.55440.35791.92372.0067-0.49628.25040.0980.61170.2402-0.54760.097-0.3207-0.21150.6246-0.30130.2695-0.05820.0650.2750.03080.17987.214220.09738.7536
57.92940.02820.95415.28560.30994.2025-0.33260.37690.2932-0.71150.1950.3544-0.2925-0.60970.16350.2856-0.0008-0.06410.23420.0340.131-6.368418.19785.0262
64.81852.26755.31487.33173.87857.2604-0.13780.22560.6801-0.0644-0.16551.1952-0.1303-1.32350.27170.24960.0181-0.05380.5330.05710.4224-11.18519.801411.9046
75.5252-2.1928-0.70973.64360.09717.17950.0431-1.32330.07321.26980.22660.4893-0.0237-0.202-0.21010.29420.01460.12870.4326-0.03780.3538-11.751711.412630.4093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 67 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 120 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 323 through 333 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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