PDB-5yec: Crystal structure of Atg7CTD-Atg8-MgATP complex in form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yec

タイトル

Crystal structure of Atg7CTD-Atg8-MgATP complex in form II

要素

Autophagy-related protein 8
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/METAL BINDING PROTEIN / Autophagy / E1 enzyme / Ubiquitin-like protein / METAL BINDING PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT-METAL BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Cvt vesicle membrane / Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / regulation of membrane invagination / protein modification by small protein conjugation / lipid droplet formation / vacuole-isolation membrane contact site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.147 Å

データ登録者

Yamaguchi, M. / Satoo, K. / Noda, N.N.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Atg7 Activates an Autophagy-Essential Ubiquitin-like Protein Atg8 through Multi-Step Recognition.
著者: Yamaguchi, M. / Satoo, K. / Suzuki, H. / Fujioka, Y. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F. / Noda, N.N.

履歴

登録	2017年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yec.cif.gz	336.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yec.ent.gz	273.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yec_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yec_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5yec_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	5yec_validation.cif.gz	43.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4eyu-d 6cq2-d 6cqi-d 4ae0-1 2qmu-d 2icr-d 6b0i-d 5ujy-1 2xb4-1 5a5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (18)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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インポーチン (Importins)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

B: Autophagy-related protein 8

C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7

D: Autophagy-related protein 8

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.995, 138.995, 134.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2 分子量: 38150.859 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 295-630 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG7, APG7, CVT2, YHR171W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38862
#2: タンパク質	Autophagy-related protein 8 / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 5 分子量: 13751.865 Da / 分子数: 2 / Mutation: K26P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG8, APG8, AUT7, CVT5, YBL078C, YBL0732 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38182

#1: タンパク質

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2

分子量: 38150.859 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 295-630 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG7, APG7, CVT2, YHR171W / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38862

#2: タンパク質

Autophagy-related protein 8 / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 5

分子量: 13751.865 Da / 分子数: 2 / Mutation: K26P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG8, APG8, AUT7, CVT5, YBL078C, YBL0732 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38182

-
非ポリマー , 4種, 181分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% polyethylene glycol monoethyl ether 5000, 0.1M HEPES, 5% tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→79.42 Å / Num. obs: 69987 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 82.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.147→49.142 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	7018	10.04 %
R_work	0.1998	-	-
obs	0.2017	69903	96.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.147→49.142 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6162	0	66	175	6403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6355
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.679	8656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.034	3811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1090

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1475-2.1719	0.338	183	0.327	1569	X-RAY DIFFRACTION	74
2.1719-2.1974	0.3359	203	0.3178	1688	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1974-2.2242	0.347	195	0.3024	1813	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2242-2.2524	0.3325	192	0.2858	1845	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2524-2.282	0.31	223	0.2664	1922	X-RAY DIFFRACTION	90
2.282-2.3133	0.2721	223	0.2534	2032	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3133-2.3463	0.2695	248	0.2495	2084	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3463-2.3813	0.2723	243	0.2472	2131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3813-2.4185	0.2565	248	0.2402	2130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4185-2.4582	0.257	200	0.2166	2163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4582-2.5006	0.2485	235	0.2164	2135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5006-2.546	0.2516	218	0.2151	2169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.546-2.595	0.2579	246	0.2219	2137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.595-2.648	0.2369	238	0.2136	2154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.648-2.7056	0.2517	229	0.2262	2144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7056-2.7685	0.2439	238	0.2122	2160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7685-2.8377	0.2357	254	0.2143	2133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8377-2.9144	0.2435	256	0.2094	2133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9144-3.0002	0.2422	244	0.2091	2154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0002-3.097	0.2369	255	0.2207	2129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.2077	0.2313	239	0.2159	2166	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2077-3.3361	0.2643	273	0.2194	2135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3361-3.4879	0.2054	245	0.1997	2167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4879-3.6717	0.2006	235	0.1831	2188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6717-3.9017	0.2011	251	0.175	2169	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9017-4.2028	0.1896	239	0.1723	2208	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2028-4.6254	0.1889	229	0.1545	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6254-5.294	0.1762	242	0.174	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
5.294-6.6673	0.22	234	0.2033	2273	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6673-49.155	0.1875	260	0.1969	2320	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2954	0.4572	1.2795	7.0648	-1.2199	9.1028	-0.1017	-0.3814	0.2146	0.3141	0.3939	0.3646	0.2724	-0.3865	-0.2043	0.5161	-0.0861	0.1117	0.4449	0.0711	0.4082	-15.8774	-43.4926	-15.2853
2	3.3344	-0.4248	-0.646	1.794	0.55	2.9504	-0.0129	-0.3102	0.2878	0.0331	0.0807	-0.3102	0.2087	0.6229	-0.085	0.331	0.0568	0.0619	0.4399	-0.0172	0.3691	6.0297	-35.5512	-27.0855
3	3.9006	-0.6299	-0.5307	2.2581	-0.0628	3.5178	-0.0362	0.6172	-0.0287	-0.584	0.1157	-0.309	0.3064	0.0911	-0.0739	0.4318	-0.0135	0.1167	0.4304	-0.0219	0.34	-5.561	-37.0874	-39.5152
4	3.5286	-0.7143	-1.761	1.4408	-0.0347	2.7452	0.0357	0.5523	0.169	-0.4441	-0.0872	-0.3486	0.2949	0.3134	0.0148	0.442	0.03	0.1245	0.5389	-0.0022	0.4336	8.9314	-38.2443	-51.313
5	3.8181	-0.3822	3.3033	1.0673	-0.3183	2.8573	-0.8958	0.1022	0.3983	-0.71	1.2509	0.406	0.6561	-1.2465	-0.3335	2.0137	-0.1495	-0.7153	1.4661	0.3755	1.1123	-9.4145	-33.2699	-85.364
6	6.0045	3.2541	-1.1611	8.9079	0.1508	2.0183	-1.2199	0.8137	-0.6259	-1.1193	1.5105	0.1242	2.559	1.5239	-0.3512	2.0174	-0.0094	0.13	1.2941	-0.0897	0.7059	-2.8044	-43.74	-83.2788
7	2.0306	3.2332	1.8556	2.0246	-3.0387	4.5025	-0.7595	0.4469	0.649	-1.2705	0.3393	-0.0017	0.5673	0.4136	0.3279	1.303	0.0843	-0.0667	0.7122	0.1139	0.7166	-0.5402	-38.8162	-73.75
8	6.6585	-4.4633	0.0639	2.0042	2.7571	4.6039	-0.458	-0.6932	1.5053	-1.7954	0.2835	0.7461	-0.8933	-0.1095	0.1063	1.2158	0.0373	-0.0736	0.7186	0.0964	1.4979	-6.4968	-23.1601	-74.2651
9	4.9112	0.859	-1.4302	7.6808	-4.5764	9.1921	-0.8036	0.4841	0.4307	-1.8895	0.0201	-0.0103	1.0433	0.8547	0.7515	0.8794	0.0575	-0.0084	0.7972	0.1392	0.5652	1.56	-37.7013	-68.8037
10	7.6909	0.4248	0.383	2.0076	-1.3082	6.9932	-0.9077	-0.4787	1.0037	-0.9261	0.8006	0.1558	-0.6382	0.5657	0.1001	0.7293	-0.0672	-0.0931	0.8492	-0.0133	0.6915	0.3471	-28.5363	-65.135
11	3.7992	-4.6584	-1.5072	5.7259	2.3018	2.0013	0.1054	-0.1046	0.3733	-0.2137	0.1097	0.1521	-1.3171	-0.1085	-0.1772	1.4828	0.1752	-0.2799	0.7658	-0.1346	1.081	-5.7935	-23.1617	-64.0196
12	2.0147	-4.3059	7.2547	2.0195	-1.2158	2.0139	-0.9297	-0.5035	1.1182	-1.0671	0.5487	1.9363	0.141	-1.6094	0.3992	0.8486	0.0849	-0.3352	1.0758	0.0683	1.1246	-10.4084	-36.5033	-62.2398
13	2.6819	1.5083	2.4557	3.0744	3.2337	7.1183	-0.6084	0.3502	0.1606	-1.5094	0.5682	0.6714	0.372	-0.3486	0.1203	1.1266	0.0963	-0.1909	0.776	0.1145	0.7147	-8.8692	-43.08	-71.6693
14	2.0075	-0.5497	-0.7858	1.8265	-3.7923	8.225	0.1756	0.1347	1.0027	-1.4148	0.6165	0.4912	0.6104	0.2317	-0.8086	1.0792	0.0311	-0.3582	0.6953	-0.0856	0.8754	-9.3581	-30.659	-71.0209
15	5.1046	-0.5666	-1.8355	1.9301	1.0706	2.5728	-0.1923	0.2669	0.1041	-0.54	-0.1751	-1.441	-0.2289	0.831	0.3284	0.8091	-0.1147	0.3782	0.6341	0.1647	1.1193	-1.5362	-8.2278	-35.2717
16	3.8674	-1.0634	-0.5694	1.5024	0.1579	3.5414	0.0304	-0.3038	0.7363	0.1372	0.1637	-0.2134	-0.4475	0.11	-0.1917	0.3756	-0.0365	0.0959	0.2794	-0.1107	0.4853	-17.8151	-17.2794	-14.7951
17	7.2692	-4.4979	0.773	4.1243	-2.1611	3.378	0.1406	-0.22	0.2837	-0.0069	0.0614	0.4264	-0.4097	-0.7414	-0.1613	0.3588	0.0463	0.0921	0.4881	0.0165	0.4183	-29.0835	-20.7904	-28.8821
18	5.4173	-1.8381	0.8669	6.4166	1.5406	3.4276	-0.0457	0.4319	0.3489	-0.1962	0.0764	0.0974	-0.2171	-0.3894	-0.0764	0.3062	0.023	0.115	0.3518	0.0222	0.3632	-19.4801	-20.9301	-31.9517
19	3.4989	-0.5291	-0.5865	2.2041	0.3357	3.0906	-0.0475	0.4066	0.4707	-0.0448	0.0052	0.5658	-0.2604	-1.3098	0.0272	0.4046	0.0604	0.0885	0.7356	0.1342	0.5397	-39.7656	-18.4549	-23.5836
20	1.998	9.7849	-4.6637	7.0708	-3.3743	1.6035	0.7019	-1.6888	-1.9491	0.1354	-0.5956	1.7539	2.3942	-3.9498	-0.1193	1.627	-1.38	-0.4869	2.9481	-0.6697	1.3429	-60.828	-29.9575	-53.8544
21	5.1988	2.9123	1.8098	2.0058	1.4101	6.1008	-1.1545	0.7498	0.2468	-1.3941	0.4562	1.1026	0.0566	-0.5994	0.5652	1.1135	-0.3614	-0.1096	1.8069	0.2447	1.2533	-60.24	-20.5695	-45.5357
22	2.0383	-1.9445	1.72	5.5572	-2.3886	1.6092	0.5352	-0.639	-0.1465	0.2744	-0.5002	2.3326	1.0123	-0.3778	0.0758	1.2794	-0.2159	0.0696	1.1989	-0.1813	1.6521	-50.2123	-39.2965	-45.2499
23	3.8922	1.216	4.2718	9.7745	0.8745	9.0453	-0.667	1.0479	-0.4501	-1.133	1.8429	1.8682	1.2423	-1.7107	-1.2584	0.8624	-0.4117	-0.0111	1.5585	0.1943	0.9509	-49.0519	-27.4904	-36.2629
24	2.0299	-2.4352	3.1497	6.2252	6.383	9.6107	-1.314	2.7022	-0.72	-0.9206	1.0201	0.7329	0.3065	0.5469	0.3802	1.2046	-0.4618	-0.1619	1.6524	0.0605	0.9934	-42.5726	-30.2796	-46.3397
25	8.7132	1.989	6.3606	1.8846	2.446	9.3359	-0.5526	2.3413	-0.1464	-0.6996	0.5247	0.7344	0.6227	-1.5502	-0.0155	0.8721	-0.2734	0.0443	1.7893	0.0679	0.8878	-48.3195	-21.2817	-46.4811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 296 through 313 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 314 through 452 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 453 through 552 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 553 through 616 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 10 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 24 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 35 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 36 through 47 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 56 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 57 through 67 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 68 through 79 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 80 through 90 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 91 through 104 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 105 through 111 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 302 through 319 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 320 through 462 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 463 through 492 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 493 through 552 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 553 through 615 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 4 through 10 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 11 through 35 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 36 through 47 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 48 through 67 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 68 through 84 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 85 through 109 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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