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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ydn | ||||||
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タイトル | Mu pahge neck subunit | ||||||
要素 | Gene product J | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / bacteriophage / assembly | ||||||
機能・相同性 | Bacteriophage Mu, Gene product J / Bacteriophage Mu, Gp36 / host cell cytoplasm / Gene product J 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia virus Mu (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Takeda, S. / Iwasaki, T. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Genes Cells / 年: 2018 タイトル: Three-dimensional structures of bacteriophage neck subunits are shared in Podoviridae, Siphoviridae and Myoviridae 著者: Iwasaki, T. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Enomoto, A. / Tomihara, M. / Takeda, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ydn.cif.gz | 37 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ydn.ent.gz | 25 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ydn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ydn_validation.pdf.gz | 419 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ydn_full_validation.pdf.gz | 420.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ydn_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ydn_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5ydn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5ydn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12253.813 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus Mu (ウイルス) / 遺伝子: J, Mup36 / 発現宿主: Expression vector pET21a-LIC (その他) / 参照: UniProt: Q9T1V9 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 15547 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 29.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→34.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.483 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.344 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→34.77 Å
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拘束条件 |
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