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- PDB-5ydf: Crystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-100) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydf
タイトルCrystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-100)
要素Parafibromin
キーワードTRANSCRIPTION / Tumor suppressor / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA 3'-end processing / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / mRNA 3'-end processing / stem cell population maintenance / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of Wnt signaling pathway ...positive regulation of mRNA 3'-end processing / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / mRNA 3'-end processing / stem cell population maintenance / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / regulation of cell growth / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / protein destabilization / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Hedgehog 'on' state / Wnt signaling pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / cellular response to lipopolysaccharide / chromosome, telomeric region / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / Cdc73/Parafibromin / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.399 Å
データ登録者Sun, W. / Kuang, X.L. / Liu, Y.P. / Tian, L.F. / Yan, X.X. / Xu, W.Q.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of human CDC73 and its implications for the hyperparathyroidism-jaw tumor (HPT-JT) syndrome
著者: Sun, W. / Kuang, X.L. / Liu, Y.P. / Tian, L.F. / Yan, X.X. / Xu, W.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parafibromin
B: Parafibromin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3012
ポリマ－23,3012
非ポリマー00
水6,269348
1
A: Parafibromin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6501
ポリマ－11,6501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Parafibromin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6501
ポリマ－11,6501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.590, 53.504, 65.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein


分子量: 11650.349 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P1J9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris, magnesium chloride

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL19U110.9785
シンクロトロンSSRF BL19U120.9785
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 S 6M1PIXEL2016年1月26日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2016年4月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
21
反射解像度: 1.4→19.5 Å / Num. obs: 38451 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 41.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.399→19.489 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1742 1919 4.99 %
Rwork0.1352 --
obs0.1372 38451 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→19.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1608 0 0 348 1956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3612335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.904660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3989-1.43390.21451460.14662505X-RAY DIFFRACTION95
1.4339-1.47260.18061680.12862564X-RAY DIFFRACTION99
1.4726-1.5160.17451250.11952656X-RAY DIFFRACTION99
1.516-1.56490.17381420.11462576X-RAY DIFFRACTION99
1.5649-1.62080.20081420.12022569X-RAY DIFFRACTION98
1.6208-1.68560.1691300.12622683X-RAY DIFFRACTION100
1.6856-1.76230.19881280.13062603X-RAY DIFFRACTION99
1.7623-1.85510.1771300.13572589X-RAY DIFFRACTION98
1.8551-1.97130.18391180.13862625X-RAY DIFFRACTION99
1.9713-2.12330.18061360.13262632X-RAY DIFFRACTION99
2.1233-2.33670.17241300.13712624X-RAY DIFFRACTION98
2.3367-2.6740.16961400.14772616X-RAY DIFFRACTION99
2.674-3.36620.18671430.14272626X-RAY DIFFRACTION99
3.3662-19.49120.15161410.13222664X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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