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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yd2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Delta 4 mutant of EhPSAT (Phosphoserine aminotransferase of Entamoeba histolytica) | ||||||
要素 | Phosphoserine aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Delta4_EhPSAT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-serine biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Entamoeba histolytica HM-3:IMSS (赤痢アメーバ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, R.K. / Gourinath, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019 タイトル: N-terminal residues are crucial for quaternary structure and active site conformation for the phosphoserine aminotransferase from enteric human parasite E. histolytica. 著者: Singh, R.K. / Tomar, P. / Dharavath, S. / Kumar, S. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yd2.cif.gz | 286.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yd2.ent.gz | 235.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yd2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 351 / Label seq-ID: 7 - 351
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40288.645 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-3:IMSS (赤痢アメーバ) 遺伝子: KM1_040390 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M7XC02 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG2000MME 100 mM Tris pH-8.5 200 mM TMAO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.15 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cu-Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 31390 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.438 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YB0 解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 27.338 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.222 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→50 Å
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拘束条件 |
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