PDB-5ycb: Crystal structure of notothenia coriiceps adenylate kinase variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ycb

タイトル

Crystal structure of notothenia coriiceps adenylate kinase variant

要素

adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

dAMP kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Notothenia coriiceps (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.272 Å

データ登録者

Bae, E. / Kim, J. / Moon, S.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of notothenia coriiceps adenylate kinase variant
著者: Bae, E. / Kim, J. / Moon, S.

履歴

登録	2017年9月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	5ycb_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5x6kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ukz-d 5x6k-1 5x6l-2 5ycd-1 1uky-d 3ukd-d 5xru-1 5x6l-1 4ukd-d 5xz2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: adenylate kinase

B: adenylate kinase

ヘテロ分子

44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric
22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.284, 105.284, 84.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	adenylate kinase 分子量: 21327.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Notothenia coriiceps (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFU5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE 分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₁₀O₂₂P₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.26M Lithium sulfate, 45% PEG400, 0.1M Acetate pH4.0

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 22461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 38.63
反射シェル	解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 20.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.97 / Num. unique obs: 2192 / R_pim(I) all: 0.146 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X6K

5x6k

解像度: 2.272→36.652 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	1117	5 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1694	22335	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.272→36.652 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2899	0	124	82	3105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3067
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	4141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.953	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2722-2.3756	0.2666	135	0.1959	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3756-2.5008	0.2612	137	0.1885	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5008-2.6574	0.2272	138	0.1837	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6574-2.8626	0.2444	137	0.1751	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8626-3.1505	0.2583	139	0.1836	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1505-3.606	0.2219	141	0.1711	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.606-4.5419	0.1917	141	0.1422	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5419-36.6566	0.1913	149	0.1657	2832	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8792	-2.6664	-0.784	5.7893	-1.0677	3.2029	0.1754	-0.2554	0.2823	0.4322	0.1659	-0.3876	-0.0164	0.9743	-0.2874	0.3153	-0.0976	0.0838	0.5269	-0.0825	0.3221	-28.5657	-6.063	-15.3884
2	6.6456	3.8553	1.587	8.4509	2.5701	3.1874	0.2622	0.0724	0.2629	-0.2302	-0.3365	-0.6382	-0.4095	0.1663	-0.0376	0.4169	-0.0662	0.0924	0.3356	0.0375	0.3341	-27.6107	1.7935	-23.0597
3	3.6393	-2.1761	-0.4537	6.88	1.4758	2.0678	0.5972	0.494	0.6098	-0.8609	-0.5763	-0.5842	-0.0081	0.028	-0.0334	0.3617	0.0204	0.0772	0.3786	0.0475	0.3418	-20.0023	-13.0795	-25.4085
4	9.5767	-2.0511	0.1881	6.3203	0.1193	3.6524	0.3758	0.3301	-0.6598	-0.4585	-0.2519	0.3519	0.149	-0.075	0.0912	0.3737	0.0374	0.0128	0.3543	-0.0392	0.2634	-22.5826	-24.7416	-27.309
5	6.0237	-0.2011	-1.0003	8.0957	0.3995	2.7657	0.325	-0.7895	0.152	0.2601	-0.5772	-0.9376	-0.0355	0.173	0.0062	0.205	-0.028	-0.0052	0.4277	-0.0016	0.3017	-18.8683	-15.2308	-15.2538
6	8.3204	0.3898	-0.3334	4.9714	-0.6146	3.9934	0.1966	-0.4184	0.5549	0.1289	-0.1665	-0.9587	-0.3137	0.5423	0.0874	0.2341	-0.0177	0.0494	0.3909	-0.0164	0.4214	-23.3289	-7.0333	-15.9895
7	2.4787	0.9838	0.7259	6.3602	1.3449	7.369	-0.3492	-0.1865	-0.9729	0.1496	0.2761	-0.3019	0.4989	1.047	0.0927	0.2715	0.079	0.0366	0.4115	0.0478	0.3847	-27.7667	-17.0486	-8.3515
8	6.7582	-1.5987	-0.248	4.0749	-0.662	6.009	0.0051	-0.6868	0.1128	-0.0993	0.037	-0.1409	-0.3946	-0.7176	-0.0486	0.1936	-0.0337	-0.0007	0.2317	-0.0019	0.3041	-34.9485	-6.586	-15.4323
9	7.956	-2.8134	3.1711	7.9439	0.5381	5.026	0.4903	1.254	-0.4996	-1.2634	-0.5843	0.3654	0.4098	0.3046	0.0933	0.4107	0.0791	-0.0329	0.4875	-0.0524	0.4167	-36.6219	-16.0274	-32.9591
10	3.721	-0.7143	-0.4031	6.6981	0.7248	7.675	0.1672	-0.6192	-0.4208	-0.2221	-0.2419	0.5328	-0.0062	-0.676	0.1761	0.2573	-0.0193	0.0601	0.3665	0.028	0.3192	-38.7585	-12.458	-11.2318
11	5.9262	-1.6404	3.3038	4.49	-3.9124	4.01	0.0209	0.3151	0.1085	-0.0108	-0.1144	-0.0032	-0.6729	-0.6531	0.166	0.2727	0.0793	0.0134	0.3475	-0.0512	0.3357	-41.0329	-1.8672	-20.4813
12	7.5116	1.0012	-1.614	5.0068	3.9846	3.9744	0.7644	-0.0007	0.8213	-0.2863	-0.0115	0.3796	-1.5149	-0.4057	-0.7094	0.4922	0.0392	0.127	0.3431	0.0543	0.431	-35.8837	5.5051	-20.507
13	5.0204	-0.6603	-0.4178	7.7413	1.7923	2.8931	0.0005	-0.4861	0.049	0.1676	0.239	-0.7515	-0.3161	0.0126	-0.1345	0.2908	-0.0475	-0.0476	0.4106	0.0901	0.3109	-49.7903	-22.6954	2.0337
14	2.9141	-0.1753	1.1946	0.9283	0.285	1.0522	0.1596	-0.5025	-0.2095	0.2292	-0.1373	0.0414	-0.0258	0.0266	-0.0511	0.307	-0.09	-0.0132	0.4746	0.1201	0.3255	-57.9043	-26.0229	5.9735
15	4.334	-3.3556	-4.36	8.1023	3.9678	4.4455	0.3855	1.126	-0.1052	-0.6738	-0.5096	0.5524	-0.3045	-0.4099	0.109	0.3353	-0.0019	-0.0752	0.4983	0.0484	0.3332	-70.1812	-22.4915	-9.0617
16	6.0809	2.0433	1.5125	6.6461	4.8332	5.4771	0.1206	-0.1456	0.695	-0.3769	-0.2326	0.5442	-0.6039	-0.5624	0.2399	0.285	0.0191	-0.0017	0.4132	0.0971	0.4079	-61.731	-15.0044	-1.6618
17	7.8956	0.1001	-1.4924	6.0317	0.4261	6.9535	0.2121	-0.2851	0.4433	-0.1167	-0.1638	0.2676	-0.3024	-0.3919	-0.1162	0.1655	-0.0148	-0.0096	0.3317	0.0482	0.3566	-54.1787	-14.6537	2.1268
18	4.9235	-0.8591	1.0059	7.0089	3.7252	4.057	0.4445	0.1501	0.0939	-0.5373	-0.388	-1.0051	-0.078	0.0465	-0.2185	0.2385	0.0223	0.0308	0.3102	0.1127	0.2812	-45.5718	-21.0599	0.572
19	2.8248	0.5384	-0.1146	9.2657	1.9807	7.7438	0.05	0.6955	-1.7391	-0.5144	0.0162	0.7157	0.8828	-0.4369	-0.0099	0.4763	0.0398	-0.0979	0.4483	-0.0176	0.7761	-53.7623	-40.022	-6.5613
20	4.6083	4.4356	0.5068	9.8927	-0.9085	3.6388	-0.2797	1.0063	-0.5274	-0.7342	0.4049	0.1009	0.0243	-0.3968	-0.0426	0.3729	0.0661	-0.0148	0.526	-0.0213	0.3501	-56.1016	-30.7013	-13.0457
21	2.0548	1.2497	-1.1366	7.0415	-0.6314	1.0806	0.216	-0.1278	-0.2135	0.0512	-0.0921	-0.6724	0.0385	-0.0876	-0.0225	0.2186	-0.033	-0.0253	0.3561	0.103	0.4102	-42.0077	-22.6334	-2.5785
22	4.66	-1.1457	-0.7935	8.8752	0.5915	5.98	-0.0733	-0.8172	-0.4098	0.6852	-0.3062	-0.2727	-0.2645	0.4189	0.0915	0.332	-0.0677	-0.1143	0.545	0.2206	0.4798	-42.0192	-29.7479	9.6042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 83 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 99 through 108 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 109 through 121 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 122 through 156 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 157 through 167 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 168 through 178 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 179 through 193 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 8 through 20 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 21 through 49 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 50 through 63 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 64 through 82 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 83 through 108 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 109 through 121 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 122 through 136 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 137 through 156 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 157 through 178 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 179 through 193 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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