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- PDB-5yby: Structure of human Gliomedin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yby
タイトルStructure of human Gliomedin
要素Gliomedin
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


clustering of voltage-gated sodium channels / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / microvillus organization / collagen trimer / membrane => GO:0016020 / axon / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliomedin / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Gliomedin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.429 Å
データ登録者Liu, H. / Lin, Z. / Xu, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of human gliomedin
著者: Liu, H. / Lin, Z. / Xu, F.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gliomedin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,79013
ポリマ－28,7351
非ポリマー1,05512
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.880, 81.573, 66.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 Gliomedin


分子量: 28735.430 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 301-551 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLDN, COLM, UNQ9339/PRO34011 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZMI3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 344分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.429→50 Å / Num. obs: 47683 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.068 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.564 / Net I/σ(I): 40.2
反射 シェル解像度: 1.429→1.48 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Num. unique obs: 4698 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.567 / Rsym value: 0.49 / Χ2: 1.171 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XAV

4xav


解像度: 1.429→38.257 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 2407 5.06 %
Rwork0.1501 --
obs0.151 47611 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.429→38.257 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 61 335 2380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0962870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.994754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4295-1.45870.23921300.21962581X-RAY DIFFRACTION98
1.4587-1.49040.25471270.21382624X-RAY DIFFRACTION100
1.4904-1.52510.23071540.20292617X-RAY DIFFRACTION100
1.5251-1.56320.24771490.18342640X-RAY DIFFRACTION100
1.5632-1.60550.2011250.17272624X-RAY DIFFRACTION100
1.6055-1.65270.19551460.17442648X-RAY DIFFRACTION100
1.6527-1.70610.22191340.1632626X-RAY DIFFRACTION100
1.7061-1.7670.19321430.16342644X-RAY DIFFRACTION100
1.767-1.83780.18031460.15862626X-RAY DIFFRACTION100
1.8378-1.92140.18891510.1462640X-RAY DIFFRACTION100
1.9214-2.02270.17131300.14142673X-RAY DIFFRACTION100
2.0227-2.14940.15741440.14222655X-RAY DIFFRACTION100
2.1494-2.31540.14941470.13712648X-RAY DIFFRACTION100
2.3154-2.54830.18571510.14712684X-RAY DIFFRACTION100
2.5483-2.9170.17821420.15162693X-RAY DIFFRACTION100
2.917-3.67460.13891340.13632731X-RAY DIFFRACTION100
3.6746-38.27090.15291540.14742850X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.3235 Å / Origin y: -9.9355 Å / Origin z: 13.3087 Å
111213212223313233
T0.1562 Å20.014 Å2-0.0193 Å2-0.1169 Å2-0.0124 Å2--0.1515 Å2
L1.1877 °2-0.2038 °2-0.0985 °2-1.0568 °20.3497 °2--1.4812 °2
S-0.018 Å °0.001 Å °0.0551 Å °0.1413 Å °-0.0186 Å °-0.0325 Å °0.0226 Å °-0.0188 Å °0.0356 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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