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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ybb
タイトルStructural basis underlying complex assembly andconformational transition of the type I R-M system
要素
  • (DNA) x 2
  • Restriction endonuclease S subunits
  • Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein complex typeI RM system MTase EcoKI / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / endonuclease activity / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA methylase specificity domains / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / : / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / : / HsdM N-terminal domain / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain ...DNA methylase specificity domains / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / : / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / : / HsdM N-terminal domain / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / DNA (> 10) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / Restriction endonuclease S subunits
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, Y.P. / Tang, Q. / Zhang, J.Z. / Tian, L.F. / Gao, P. / Yan, X.X.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis underlying complex assembly and conformational transition of the type I R-M system.
著者: Liu, Y.P. / Tang, Q. / Zhang, J.Z. / Tian, L.F. / Gao, P. / Yan, X.X.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
C: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
D: Restriction endonuclease S subunits
B: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
E: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
G: Restriction endonuclease S subunits
H: DNA
I: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,01210
ポリマ－337,2158
非ポリマー7972
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17430 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area86340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.600, 121.600, 280.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Type I restriction-modification system methyltransferase subunit


分子量: 58567.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: HsdM, TTE1547 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q8R9Q4
#2: タンパク質 Restriction endonuclease S subunits


分子量: 44719.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: HsdM, TTE1545 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R9Q6
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 6833.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA


分子量: 6673.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 54% MPD, 0.2 M NH4H2PO4, pH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 66781 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 27.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 3.2→47.002 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 3036 4.77 %
Rwork0.2358 --
obs0.2376 63643 95.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14506 896 54 0 15456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62221780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5376060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.250.41441090.34542814X-RAY DIFFRACTION98
3.25-3.30330.40181280.3352835X-RAY DIFFRACTION98
3.3033-3.36020.3591320.33352843X-RAY DIFFRACTION98
3.3602-3.42130.35431440.29982761X-RAY DIFFRACTION97
3.4213-3.48710.30921180.28742855X-RAY DIFFRACTION97
3.4871-3.55830.31581340.28912801X-RAY DIFFRACTION97
3.5583-3.63560.32441600.27612765X-RAY DIFFRACTION97
3.6356-3.72020.31581580.26272795X-RAY DIFFRACTION97
3.7202-3.81310.29861290.26142778X-RAY DIFFRACTION97
3.8131-3.91620.34341440.26152822X-RAY DIFFRACTION97
3.9162-4.03140.32921540.24292723X-RAY DIFFRACTION96
4.0314-4.16140.22621400.21542762X-RAY DIFFRACTION96
4.1614-4.31010.23161530.21362772X-RAY DIFFRACTION96
4.3101-4.48250.2721280.20582768X-RAY DIFFRACTION96
4.4825-4.68630.25141830.20022698X-RAY DIFFRACTION95
4.6863-4.93320.23011240.20632752X-RAY DIFFRACTION95
4.9332-5.24190.22481440.21722709X-RAY DIFFRACTION94
5.2419-5.6460.25891450.23092719X-RAY DIFFRACTION94
5.646-6.2130.24971360.24782699X-RAY DIFFRACTION94
6.213-7.10940.32471280.2542714X-RAY DIFFRACTION93
7.1094-8.94690.2491100.21272683X-RAY DIFFRACTION92
8.9469-47.00750.22771350.20522539X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1919-0.18230.44233.3367-1.31323.6650.16260.2977-0.1687-0.5941-0.3298-0.4649-0.48220.1555-0.04650.89320.02820.02380.44830.01460.7033163.159884.3066-61.8384
21.944-0.38840.4594.4276-0.20761.5040.32740.1474-0.1975-0.5032-0.3826-0.37390.03820.0974-0.03480.71460.00730.10440.47570.04320.6683159.623682.4896-55.9523
33.12060.44470.81921.70380.35771.42590.01610.04820.0094-0.10060.0317-0.0666-0.01510.10350.03160.63460.02130.01220.42520.0490.4035146.824958.333-44.1451
44.2995-0.6905-0.48942.2096-0.47743.52810.34770.51790.88330.4369-0.31350.4539-0.4626-1.7227-0.30120.89610.0988-0.10060.83420.1590.8771113.628251.9189-53.6238
50.59610.7891-0.81720.5023-0.56712.69740.1692-0.25580.1911-0.1189-0.09890.1294-0.26040.0998-0.11130.51930.11020.0620.7617-0.00050.666114.836645.7945-23.7962
61.9431-1.5722-1.52381.75910.19570.26820.0455-0.181-0.0253-0.246-0.1040.23360.0359-0.21830.03120.64630.0406-0.17920.4832-0.04890.5197138.864929.8839-56.9035
72.7091.17540.3083.5711.33043.09640.196-0.2852-0.13290.4034-0.36580.3454-0.0822-0.2531-0.04150.9273-0.012-0.00510.5423-0.03710.721480.117884.315862.441
81.71440.43530.33394.3555-0.37531.59950.2302-0.1842-0.09610.7448-0.10040.14490.26020.0567-0.09290.79220.07780.05380.508-0.01730.633983.594682.462856.6065
93.2337-0.61421.1442.53820.07651.28960.08840.019-0.03980.1159-0.05970.0737-0.049-0.0919-0.12750.643-0.03280.01080.4124-0.03530.404796.350958.342644.7177
104.28430.7261-0.412.91270.64254.0230.5755-0.28050.9246-1.1188-0.0766-0.6266-0.72711.31140.01370.9947-0.17640.02781.0415-0.20760.7543129.559751.756754.3059
110.9744-0.5454-0.64570.06380.30831.96290.12970.33990.20170.1345-0.0956-0.0335-0.2745-0.1334-0.07040.5457-0.08110.08870.7520.02190.6919128.404245.771824.4374
122.09311.7489-1.32192.0294-0.27040.1570.03220.1952-0.0760.2486-0.0692-0.27930.01760.2078-0.16180.6799-0.0474-0.14670.49180.05980.4795104.308729.835157.5155
133.4619-3.0044-1.32778.1714.30642.29661.02860.13110.5197-1.16160.3692-1.12120.89931.924-1.1120.89790.05610.1941.6278-0.06420.8445127.151229.3968-18.5722
149.37922.2391-4.39293.61760.17794.81320.5771-0.29980.25770.97760.49380.4017-0.37080.5755-0.97360.80180.07340.01591.1727-0.09520.9044118.118230.58815.6278
154.27094.1338-4.58494.063-3.75028.25140.6450.04780.40010.08270.1370.69970.3443-0.0995-1.01830.54790.06320.0750.9971-0.09680.7927116.927130.605614.4091
162.6631-2.46570.23898.6188-2.11777.08681.74941.24780.844-2.4065-0.4018-0.6553-0.2408-1.0159-0.91760.95740.13160.05361.54260.12920.8262127.464329.8452-19.5655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 164 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 165 through 496 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 465 through 493 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 5 through 202 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 203 through 398 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 106 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 107 through 164 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 165 through 496 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 465 through 493 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 5 through 202 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 203 through 398 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 1 through 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 11 through 22 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 1 through 11 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 12 through 22 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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