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- PDB-5yb9: Crystal structure of a dimeric cyclophilin A from T.vaginalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yb9
タイトルCrystal structure of a dimeric cyclophilin A from T.vaginalis
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Cyclophilin A / Divergent loop cyclophilin / Dimeric cyclophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.276 Å
データ登録者Cho, C.C. / Lin, M.H. / Chou, C.C. / Martin, T. / Chen, C. / Hsu, C.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural basis of interaction between dimeric cyclophilin 1 and Myb1 transcription factor in Trichomonas vaginalis
著者: Martin, T. / Lou, Y.C. / Chou, C.C. / Wei, S.Y. / Sadotra, S. / Cho, C.C. / Lin, M.H. / Tai, J.H. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] ..._citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3581
ポリマ－19,3581
非ポリマー00
水84747
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Size-exclusion chromatography with multi-angle light scattering, equilibrium centrifugation, Analytical ultra centrifugation- sedimentation velocity experiments also confirm ...根拠: light scattering, Size-exclusion chromatography with multi-angle light scattering, equilibrium centrifugation, Analytical ultra centrifugation- sedimentation velocity experiments also confirm dimeric nature of TvCyP1
  • 38.7 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7172
ポリマ－38,7172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)38.505, 38.505, 365.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 19358.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cyclophilin A
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_004440 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2DT06, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 30% (v/v) Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→29.254 Å / Num. obs: 8106 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 6.18
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.107 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DYW

1dyw


解像度: 2.276→29.254 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 752 10.01 %
Rwork0.212 --
obs0.2189 7511 89.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.276→29.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1331 0 0 47 1378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9081823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.519809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2765-2.45220.33581050.2107949X-RAY DIFFRACTION67
2.4522-2.69880.29431430.22881281X-RAY DIFFRACTION89
2.6988-3.08890.2881590.21341435X-RAY DIFFRACTION97
3.0889-3.89030.26791660.19461495X-RAY DIFFRACTION98
3.8903-29.25650.2881790.21871599X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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