PDB-5ya2: Crystal structure of LsrK-HPr complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ya2

タイトル

Crystal structure of LsrK-HPr complex with ADP

要素

Autoinducer-2 kinase
Phosphocarrier protein HPr

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Quorum sensing / LsrK / HPr / complex / ADP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

autoinducer-2 kinase / autoinducer-2 kinase activity / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of carbon utilization / quorum sensing / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / single-species biofilm formation / enzyme inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Ryu, K.S. / Ha, J.H.

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Evidence of link between quorum sensing and sugar metabolism inEscherichia colirevealed via cocrystal structures of LsrK and HPr
著者: Ha, J.H. / Hauk, P. / Cho, K. / Eo, Y. / Ma, X. / Stephens, K. / Cha, S. / Jeong, M. / Suh, J.Y. / Sintim, H.O. / Bentley, W.E. / Ryu, K.S.

履歴

登録	2017年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ya2.cif.gz	450.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ya2.ent.gz	371 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ya2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ya0C 5ya1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ya1-2 5ya0-1 3dgc-1 2pmf-d 6smf-d 6uht-1 4lcd-1 5ya1-1 6pv4-2 2wzh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autoinducer-2 kinase

B: Autoinducer-2 kinase

C: Phosphocarrier protein HPr

D: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Autoinducer-2 kinase

C: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Autoinducer-2 kinase

D: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.251, 101.251, 344.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Autoinducer-2 kinase / AI-2 kinase 分子量: 58854.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: lsrK, ydeV, b1511, JW1504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77432, autoinducer-2 kinase
#2: タンパク質	Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein 分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AA04, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

#1: タンパク質

Autoinducer-2 kinase / AI-2 kinase

分子量: 58854.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lsrK, ydeV, b1511, JW1504 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77432, autoinducer-2 kinase

#2: タンパク質

Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein

分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AA04, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

-
非ポリマー , 4種, 70分子

#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5~20%(v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.701→46.316 Å / Num. obs: 55508 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 25.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
PHENIX	1.9_1692	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.701→46.316 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 28.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2546	1990	3.59 %
R_work	0.2137	-	-
obs	0.2152	55484	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→46.316 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8526	0	100	60	8686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	11942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.019	3154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7008-2.7684	0.4057	130	0.3875	3482	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7684-2.8432	0.4175	134	0.3706	3710	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8432-2.9268	0.3289	136	0.3433	3691	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9268-3.0213	0.3851	143	0.3224	3732	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0213-3.1293	0.3376	134	0.2945	3755	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1293-3.2545	0.3041	141	0.2747	3805	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2545-3.4026	0.2958	143	0.2536	3779	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4026-3.5819	0.2637	148	0.2289	3869	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5819-3.8062	0.2228	142	0.1996	3849	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8062-4.1	0.2242	145	0.1841	3855	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1-4.5122	0.2586	141	0.1668	3886	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5122-5.1644	0.1804	145	0.159	3933	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1644-6.5038	0.2646	148	0.1838	4000	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5038-46.3227	0.2009	160	0.1764	4148	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1785	-1.8636	-1.7518	2.1527	-0.0711	2.5242	0.2194	0.3541	-1.2076	-0.1045	-0.0657	-0.604	1.003	0.9742	0.0162	0.8051	0.5325	-0.0731	1.1396	-0.1102	0.758	80.0808	-23.953	36.2956
2	5.1661	0.6798	-0.4645	1.8689	-0.3803	2.8467	0.1419	-0.0127	-0.3442	0.0388	-0.0273	-0.0016	0.4685	0.2772	-0.1291	0.5798	0.2706	-0.0094	0.484	-0.1133	0.3587	57.2888	-16.7188	38.6738
3	1.2377	-0.6559	0.1478	1.4618	0.6182	1.8119	0.1569	0.5371	0.0606	-0.4889	-0.14	0.0955	0.1041	0.7096	-0.0796	0.6067	0.6814	0.1076	1.206	-0.1303	0.4465	67.8531	-18.2312	11.9479
4	0.7703	0.6219	1.6395	3.6047	1.7724	7.7967	-0.2066	0.3694	0.4226	-0.8603	0.484	0.1346	-0.8463	0.8613	-0.4561	0.5635	0.1463	0.0815	1.2702	0.0427	0.6048	75.517	-8.663	15.009
5	4.4705	-2.3183	1.1448	1.4969	0.1095	2.3131	0.2137	0.5764	1.1579	-0.1482	-0.0711	0.4301	-1.024	-1.0177	0.0009	0.7416	0.5691	0.0464	1.1857	0.143	0.8014	21.1341	23.9509	36.3443
6	4.9853	0.8481	0.2771	1.8176	0.5203	2.7731	0.1428	0.0428	0.3739	0.0639	-0.0209	0.0504	-0.5235	-0.2586	-0.1095	0.5983	0.2739	0.0113	0.4769	0.1199	0.3639	43.9558	16.7337	38.6691
7	1.0759	-0.5859	-0.2153	1.3172	-0.6666	1.8868	0.0523	0.5983	-0.0522	-0.4445	-0.0737	-0.074	-0.1445	-0.8997	-0.131	0.6015	0.6577	-0.1515	1.2169	0.151	0.4114	33.4124	18.219	11.9564
8	1.233	0.4274	-1.6451	3.6858	-1.6096	2.5261	-0.2895	0.3992	-0.3398	-0.769	0.4076	-0.0283	0.6851	-0.4584	-0.1965	0.5074	0.1112	-0.1005	1.3619	-0.0204	0.5861	25.6871	8.697	15.0615
9	5.6853	-0.8907	-4.1249	8.4593	2.2014	3.2714	0.4014	0.105	-1.5947	0.2353	-1.4659	0.048	1.3121	-2.8656	0.7618	0.785	-0.3865	-0.2051	1.0517	-0.004	0.7769	30.3172	-21.9454	49.7964
10	7.321	-3.3002	-6.1964	7.4095	0.7353	6.4752	0.2807	0.3105	-0.2153	-1.0772	0.0313	0.399	0.0004	-0.9353	-0.3214	0.5814	-0.06	-0.074	0.8122	0.0072	0.4226	36.2624	-13.3563	46.6349
11	8.6991	-3.2972	-0.9626	5.6316	-0.2813	4.6443	0.1955	-0.545	-0.3617	1.0111	0.0983	-0.2077	1.4147	-0.5153	-0.2852	0.5853	-0.1816	-0.058	0.5587	-0.0494	0.3603	38.1053	-20.1782	49.9568
12	1.9084	0.3476	1.4954	8.7215	4.3234	5.2004	0.0715	1.24	0.0718	-0.7715	-0.9059	1.5315	0.1617	-1.8077	0.9506	0.4406	-0.202	-0.0987	1.5271	-0.1771	0.7313	27.71	-13.628	49.9003
13	7.6255	-0.6706	5.8686	7.0798	-1.0387	4.5522	0.2428	0.2732	1.6618	0.0184	-1.1264	-0.0228	-1.5549	3.1427	0.6821	0.7854	-0.4551	0.2816	1.1566	-0.0955	0.7708	70.9737	21.9343	49.7548
14	4.9493	-1.9816	5.9943	2.0885	-2.6217	7.7722	0.1334	0.2494	0.2049	-1.1608	-0.2549	-0.596	0.0773	1.6208	0.0914	0.6385	0.0057	0.1578	0.8426	0.0181	0.4874	64.9868	13.3357	46.7406
15	8.2324	-3.5591	1.4079	5.5726	1.3408	3.1918	0.1691	-0.4576	0.469	0.9279	-0.0417	0.1007	-1.4933	0.7531	-0.2157	0.6356	-0.2079	0.096	0.6103	0.0254	0.3772	63.1353	20.185	49.96
16	5.2791	-0.6789	-0.4884	6.2779	-5.5288	5.7513	0.2506	0.6274	-0.4251	-0.7237	-1.2499	-1.8974	-0.2849	3.0765	0.9152	0.6376	-0.1741	0.0554	1.4476	0.1118	0.6832	73.5582	13.7036	49.9511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 455 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 504 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 240 through 455 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 456 through 504 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 16 through 37 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 38 through 69 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 70 through 85 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 15 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 16 through 37 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 38 through 69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 70 through 85 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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