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- PDB-5y9y: Crystal structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9y
タイトルCrystal structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) alphaketoglutarate dependent dioxygenase in complex with succinate and Co(II)
要素Uncharacterized protein KdoO
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fe(II)/O2/alphaketoglutarate dependent dioxygenase / KDO2-lipid A dioxygenase / deoxysugar dioxygenase / LPS biosynthesis
機能・相同性Kdo hydroxylase / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase / metal ion binding / ACETATE ION / : / SUCCINIC ACID / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase
機能・相同性情報
生物種Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Chung, H.S. / Pemble, C.W. / Joo, S.H. / Raetz, C.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical and structural insights of Fe(II)/alpha-ketoglutarate/O2-dependent dioxygenase, KdoO from Methylacidiphilum infernorum V4
著者: Chung, H.S. / Pemble IV, C.W. / Joo, S.H.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein KdoO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,94316
ポリマ－36,2391
非ポリマー1,70415
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.762, 59.316, 116.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein KdoO / 3-Deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid hydroxylase


分子量: 36239.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
遺伝子: Minf_1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DUR4

-
非ポリマー , 8種, 261分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium acetate (pH 4.5), 200mM Lithium sulfate, 50% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 40240 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 17.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.2 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 205542
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.634.50.27715070.601170.6
1.63-1.664.50.26416080.559178
1.66-1.694.60.24917970.58184.6
1.69-1.724.70.21718650.608189.2
1.72-1.764.90.19419320.646191
1.76-1.850.17119290.694191.7
1.8-1.8550.1520250.712195.1
1.85-1.950.13520210.775195.2
1.9-1.9550.11520290.889196.4
1.95-2.024.90.10620540.984197.2
2.02-2.0950.09421091.158198.4
2.09-2.1750.09320801.271198.9
2.17-2.2750.09121401.366199.1
2.27-2.395.10.0920971.45199.1
2.39-2.545.20.0921351.665199.6
2.54-2.745.20.08621391.488199.8
2.74-3.015.40.07721591.551199.2
3.01-3.455.70.07121561.65199
3.45-4.3460.06721731.854198.5
4.34-505.70.06822852.038197.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.599→23.565 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 2010 5 %
Rwork0.1591 38163 -
obs0.1608 40173 93.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.44 Å2 / Biso mean: 26.7315 Å2 / Biso min: 9.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.599→23.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 0 80 246 2717
Biso mean--56.97 35.61 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9643453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4861549
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5988-1.63880.19591160.16992039215572
1.6388-1.68310.20461260.17792356248283
1.6831-1.73260.19531330.16772550268389
1.7326-1.78850.19471370.16382630276792
1.7885-1.85240.1981380.15962702284094
1.8524-1.92650.19541460.16022737288396
1.9265-2.01420.20521480.15692792294097
2.0142-2.12030.18571480.15492828297699
2.1203-2.25310.18741480.15592855300399
2.2531-2.42680.20051530.15862893304699
2.4268-2.67080.20931530.15929003053100
2.6708-3.05650.1881520.172905305799
3.0565-3.84820.18541530.1482931308499
3.8482-23.56750.19241590.1613045320498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7311-0.35790.71892.4405-0.45712.35030.00240.14670.1024-0.1708-0.02860.1319-0.1051-0.0310.0230.09610.00280.01110.12570.00870.12562.76593.25766.3373
20.52650.17430.04040.4463-0.18762.41840.0336-0.0424-0.03530.03070.03371.08030.0771-0.7103-0.16940.21630.0032-0.02680.2807-0.00380.4044-12.5297-4.307617.483
30.68990.16040.09541.683-0.16330.95840.0546-0.0339-0.00790.0447-0.03340.09740.0838-0.0732-0.01140.08350.00190.00050.10270.00080.0824-3.1206-9.823717.3274
42.8273-1.243-0.64632.84831.76122.19990.10580.2778-0.3385-0.498-0.0721-0.51160.55050.3620.00440.35420.05990.05230.2201-0.0040.20917.0651-25.515116.0806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 127 )A11 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 150 )A128 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 286 )A151 - 286
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 287 through 307 )A287 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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