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万見
- PDB-5y9w: Crystal 1 for AtLURE1.2-AtPRK6LRR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9w
タイトルCrystal 1 for AtLURE1.2-AtPRK6LRR
要素
  • Pollen receptor-like kinase 6
  • Protein LURE 1.2
キーワードTRANSFERASE / Cysteine-rich peptide / Leucine-rich repeat receptor kinase / Receptor-ligand complex / Pollen tube guidance / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen tube tip / pollen tube guidance / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily ...: / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pollen receptor-like kinase 6 / Protein LURE 1.2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Chai, J. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for receptor recognition of pollen tube attraction peptides.
著者: Zhang, X. / Liu, W. / Nagae, T.T. / Takeuchi, H. / Zhang, H. / Han, Z. / Higashiyama, T. / Chai, J.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pollen receptor-like kinase 6
C: Protein LURE 1.2
A: Pollen receptor-like kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,76710
ポリマ－62,0943
非ポリマー6727
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area22670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.687, 48.511, 146.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Pollen receptor-like kinase 6 / AtPRK6


分子量: 26950.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PRK6, At5g20690, T1M15.90 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q3E991
#2: タンパク質 Protein LURE 1.2 / AtLURE1.2 / Cysteine-Rich Peptide 810_1.2 / CRP810_1.2 / Defensin-like protein 213


分子量: 8193.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LURE1.2, CRP810_1.2, At5g43510, MWF20.23 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q4VP08
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.847→35.383 Å / Num. obs: 56086 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 16.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MN8

4mn8


解像度: 1.847→35.383 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 2845 5.07 %
Rwork0.2042 --
obs0.206 56074 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→35.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 0 35 382 4062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9465055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8422287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8472-1.87910.27831440.2512534X-RAY DIFFRACTION94
1.8791-1.91330.28781380.24572598X-RAY DIFFRACTION98
1.9133-1.95010.26021490.23462653X-RAY DIFFRACTION97
1.9501-1.98990.2361310.20642651X-RAY DIFFRACTION99
1.9899-2.03310.23281270.20762672X-RAY DIFFRACTION98
2.0331-2.08040.23111400.20112646X-RAY DIFFRACTION97
2.0804-2.13240.23871710.20592567X-RAY DIFFRACTION98
2.1324-2.19010.21821320.20322593X-RAY DIFFRACTION96
2.1901-2.25450.24871450.19912661X-RAY DIFFRACTION98
2.2545-2.32730.2311360.1972666X-RAY DIFFRACTION99
2.3273-2.41040.23271190.20742718X-RAY DIFFRACTION99
2.4104-2.50690.24551450.21142655X-RAY DIFFRACTION99
2.5069-2.6210.2791510.21372665X-RAY DIFFRACTION99
2.621-2.75910.24561520.2222651X-RAY DIFFRACTION97
2.7591-2.93190.2531500.21382644X-RAY DIFFRACTION98
2.9319-3.15820.24851430.22132713X-RAY DIFFRACTION99
3.1582-3.47570.24321400.20282740X-RAY DIFFRACTION100
3.4757-3.97810.23211380.18512709X-RAY DIFFRACTION99
3.9781-5.00970.20641580.17242696X-RAY DIFFRACTION98
5.0097-35.38920.26221360.22042797X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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