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- PDB-5y9s: Crystal structure of VV2_1132, a LysR family transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9s
タイトルCrystal structure of VV2_1132, a LysR family transcriptional regulator
要素VV2_1132
キーワードTRANSCRIPTION / LysR
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BROMIDE ION
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Jang, Y. / Hong, S. / Jo, I. / Ahn, J. / Ha, N.C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry for Agriculture, Food and Rural AffairsNRF-2017R1A2B2003992 韓国
引用ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2018
タイトル: A Novel Tetrameric Assembly Configuration in VV2_1132, a LysR-Type Transcriptional Regulator inVibrio vulnificus
著者: Jang, Y. / Choi, G. / Hong, S. / Jo, I. / Ahn, J. / Choi, S.H. / Ha, N.C.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_half ..._reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32019年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VV2_1132
B: VV2_1132
C: VV2_1132
D: VV2_1132
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,12613
ポリマ－137,4074
非ポリマー7199
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17020 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area49760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.669, 221.895, 57.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
VV2_1132


分子量: 34351.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M imidazol (pH 7.6), 0.9M ammonium phosphate dibasic, 0.2M NaBr, 2mM TCEP
PH範囲: 7.5 / Temp details: 287

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9801, 1.0082
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98011
21.00821
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 70737 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.219 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 50.21
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 2.5 / Rpim(I) all: 0.214 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ収集
HKL-2000v712データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.199→46.769 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 25.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 3308 5.06 %
Rwork0.2017 --
obs0.2048 65417 86.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→46.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9080 0 9 134 9223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95512637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3645579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.199-2.23050.3752250.2249589X-RAY DIFFRACTION20
2.2305-2.26370.2998680.23171185X-RAY DIFFRACTION41
2.2637-2.29910.2984960.25071745X-RAY DIFFRACTION59
2.2991-2.33680.3211040.24932116X-RAY DIFFRACTION71
2.3368-2.37710.30251080.24992317X-RAY DIFFRACTION79
2.3771-2.42030.32641350.25732403X-RAY DIFFRACTION81
2.4203-2.46690.31961220.25412559X-RAY DIFFRACTION87
2.4669-2.51720.29321420.24842586X-RAY DIFFRACTION87
2.5172-2.5720.32391450.23682612X-RAY DIFFRACTION90
2.572-2.63180.30981480.23012673X-RAY DIFFRACTION89
2.6318-2.69760.30221710.22592715X-RAY DIFFRACTION93
2.6976-2.77050.31171380.22472759X-RAY DIFFRACTION92
2.7705-2.8520.29181600.22622800X-RAY DIFFRACTION96
2.852-2.94410.29971620.22252871X-RAY DIFFRACTION97
2.9441-3.04930.31461400.22812941X-RAY DIFFRACTION97
3.0493-3.17130.25971410.2242928X-RAY DIFFRACTION99
3.1713-3.31560.26921550.21962954X-RAY DIFFRACTION99
3.3156-3.49040.28291550.20852975X-RAY DIFFRACTION99
3.4904-3.7090.26361520.1883012X-RAY DIFFRACTION100
3.709-3.99520.22231500.16943009X-RAY DIFFRACTION100
3.9952-4.3970.22221680.16113035X-RAY DIFFRACTION100
4.397-5.03260.19621770.14773010X-RAY DIFFRACTION100
5.0326-6.33810.23781820.18553080X-RAY DIFFRACTION100
6.3381-46.77910.24321640.17953235X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1156 Å / Origin y: 49.498 Å / Origin z: 1.8626 Å
111213212223313233
T0.0694 Å20.0013 Å20.0066 Å2-0.1651 Å20.0108 Å2--0.0873 Å2
L0.4734 °20.2304 °20.1147 °2-0.8822 °2-0.0771 °2--0.5396 °2
S-0.0194 Å °0.0173 Å °-0.0211 Å °-0.0251 Å °0.0627 Å °0.0465 Å °0.031 Å °-0.0218 Å °-0.0332 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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