PDB-5y9h: Crystal structure of SafDAA-dsc complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y9h

タイトル

Crystal structure of SafDAA-dsc complex

要素

SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

キーワード

CELL ADHESION / host recognition / biofilm formation / Salmonella atypical fimbriae / poly-adhesive activity / self-associating oligomerization

機能・相同性

機能・相同性情報

Enterobacteria AfaD invasin / Enterobacteria AfaD invasin protein / Saf-pilin pilus formation protein / Saf-pilin pilus formation protein / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Zeng, L.H. / Zhang, L. / Wang, P.R. / Meng, G.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis of host recognition and biofilm formation by Salmonella Saf pili
著者: Zeng, L.H. / Zhang, L. / Wang, P.R. / Meng, G.

履歴

登録	2017年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y9h.cif.gz	697.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y9h.ent.gz	593.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y9h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y9h_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y9h_full_validation.pdf.gz	496.8 KB	表示
XML形式データ	5y9h_validation.xml.gz	46 KB	表示
CIF形式データ	5y9h_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y9gSC 2ixqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fqp-d 3ed3-d 6efy-d 1zw0-11 6efz-d 4bh2-d 4ln3-2 4lp5-2 3md2-d 4n5a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

B: SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

C: SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

150 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.270, 66.070, 187.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein / Salmonella atypical fimbria subunit D (SafD) 分子量: 50064.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: safD, safA, STM0299 / 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: H9L4M7, UniProt: Q8ZRK4, UniProt: Q7CR56*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

SafD,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein,Putative outer membrane protein / Salmonella atypical fimbria subunit D (SafD)

分子量: 50064.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: safD, safA, STM0299 / 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: H9L4M7, UniProt: Q8ZRK4, UniProt: Q7CR56*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→93.3 Å / Num. obs: 38710 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 1.48 / CC_1/2: 0.44 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IXQ and 5Y9G

2ixq

5y9g

解像度: 2.8→93.288 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2548	1894	4.9 %
R_work	0.2188	-	-
obs	0.2205	38663	95.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→93.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9543	0	0	50	9593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	13178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.921	5723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.3949	153	0.3632	2629	X-RAY DIFFRACTION	96
2.87-2.9476	0.3848	120	0.3648	2567	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9476-3.0344	0.4113	125	0.3409	2620	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0344-3.1323	0.3251	109	0.3175	2641	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1323-3.2443	0.3488	153	0.2873	2580	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2443-3.3742	0.3049	139	0.2734	2589	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3742-3.5278	0.273	146	0.2626	2583	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5278-3.7138	0.2813	116	0.241	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7138-3.9464	0.2303	134	0.2169	2614	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9464-4.2511	0.2297	137	0.1897	2586	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2511-4.6789	0.2011	146	0.1745	2607	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6789-5.3559	0.1766	145	0.1622	2655	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3559-6.7476	0.2618	127	0.1997	2679	X-RAY DIFFRACTION	96
6.7476-93.3394	0.2507	144	0.1875	2817	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8662	0.0176	2.1684	2.3608	0.7839	5.8043	-0.4393	-0.241	1.3584	0.0758	-0.1779	0.1315	-0.4876	-0.4954	0.531	0.7099	0.2116	-0.0173	0.4153	-0.059	0.912	-17.8131	-11.9824	-4.7781
2	5.3853	-0.668	2.7569	1.3036	-0.4221	5.2688	0.1534	-1.0712	-0.0407	0.0171	-0.0723	-0.076	0.0498	-0.559	-0.0587	0.3491	-0.0537	0.091	0.4571	0.0054	0.4055	8.4928	-30.0485	22.5977
3	6.9774	-0.0244	0.4111	5.3353	-1.2583	6.2661	0.2099	-0.8449	0.284	0.3423	-0.0454	-0.2143	-0.0897	-0.8459	-0.1136	0.5392	-0.0723	0.0336	0.7274	-0.1182	0.4429	41.4475	-33.3503	54.2462
4	3.8847	0.0482	2.4027	2.7097	-0.1265	3.8939	-0.3177	0.0707	0.9243	0.6224	-0.3581	-0.2407	-0.3541	0.3377	0.5884	0.7692	-0.2064	-0.087	0.6944	0.228	0.79	4.1782	8.4309	50.1316
5	0.1034	1.1391	2.0443	-0.6182	2.1495	3.7419	0.0585	0.4632	-0.0273	0.0596	0.2429	0.0731	0.5738	0.5116	-0.2353	1.9424	0.1285	-0.505	1.3213	-0.2158	1.0643	33.3844	12.2384	105.4595
6	3.1737	1.8308	1.0197	4.5573	1.4891	2.1615	0.1079	1.0315	-0.198	0.5439	-0.0462	-1.602	0.3104	2.2756	-0.0176	0.8083	-0.0582	-0.1538	1.8754	0.3414	1.284	26.2903	-4.7145	48.5069
7	8.5703	0.4837	2.2625	4.4473	0.368	5.0022	0.6151	0.0962	-0.5563	0.2333	-0.3213	0.1718	0.4689	0.2321	-0.2541	0.5601	0.038	0.0109	0.3734	-0.0419	0.3004	-11.6569	-15.2741	38.0287
8	1.8679	-0.8666	0.1633	1.9371	0.1133	2.8703	0.9203	0.7457	-1.0542	0.3771	-0.2405	-0.0646	0.4374	0.3408	-0.4307	0.4885	0.0953	0.0279	0.6081	0.0312	0.5716	-12.5172	-12.4628	29.9896
9	5.4197	0.3431	-0.2755	4.4951	-2.491	9.2307	0.4071	0.2319	-0.7957	-0.1338	0.1061	-0.5739	1.1486	0.823	-0.3379	0.5269	0.1224	-0.0736	0.4901	-0.1688	0.6727	-45.6317	-11.4061	4.1722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 167 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 168 through 328 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 329 through 466 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 21 through 294 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 295 through 465 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 23 through 168 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 169 through 294 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 295 through 328 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 329 through 465 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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