PDB-5y9e: Crystal structure of HPV58 pentamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y9e

タイトル

Crystal structure of HPV58 pentamer

要素

Major capsid protein L1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / capsid protein / pentamer

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.042 Å

データ登録者

Li, S.W. / Li, Z.H.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	31670935	中国
National Natural Science Foundation of China	81671645	中国
National Natural Science Foundation of China	81571996	中国
Natural Science Foundation of Fujian Province	2015YZ0002	中国

引用

ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Two Immune Complexes Identify Determinants for Viral Infectivity and Type-Specific Neutralization of Human Papillomavirus.
著者: Zhihai Li / Daning Wang / Ying Gu / Shuo Song / Maozhou He / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Jinjin Li / Hai Yu / Qingbing Zheng / Xiaodong Yan / Timothy S Baker / Jun Zhang / ...
要旨: Persistent, high-risk human papillomavirus (HPV) infection is the primary cause of cervical cancer. Neutralizing antibodies elicited by L1-only virus-like particles (VLPs) can block HPV infection; ...Persistent, high-risk human papillomavirus (HPV) infection is the primary cause of cervical cancer. Neutralizing antibodies elicited by L1-only virus-like particles (VLPs) can block HPV infection; however, the lack of high-resolution structures has limited our understanding of the mode of virus infection and the requirement for type specificity at the molecular level. Here, we describe two antibodies, A12A3 and 28F10, that specifically bind to and neutralize HPV58 and HPV59, respectively, through two distinct binding stoichiometries. We show that the epitopes of A12A3 are clustered in the DE loops of two adjacent HPV58 L1 monomers, whereas 28F10 recognizes the HPV59 FG loop of a single monomer. Via structure-based mutagenesis and analysis of antibody binding, we further identified the residues HPV58 D154, S168, and N170 and HPV59 M267, Q270, E273, Y276, K278, and R283, which play critical roles in virus infection. By substituting these strategic epitope residues into other HPV genotypes, we could then redirect the type-specific binding of the antibodies to these genotypes, thus highlighting the importance of these specific residues, HPV58 R161, S168, and N308 and HPV59 Q270, E273, and D281. Overall, our findings provide molecular insights into potential structural determinants of HPV required for infectivity and type specificity. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are considered the major causative pathogens of cancers that affect epithelial mucosa, such as cervical cancer. However, because of the lack of high-resolution structural information on the sites of neutralization, we have yet to determine the precise mode of HPV infection and how different types of HPV cause infection. Our crystal structures in this study have uncovered discrete binding stoichiometries for two different antibodies. We show that one A12A3 Fab binds to the center of one HPV58 pentamer, whereas five 28F10 Fabs bind along the top fringe of one HPV59 pentamer. Furthermore, through targeted epitope analysis, we show that 6 to 7 discontinuous residues of the L1 major capsid protein of HPV are determinants, at least in part, for virus infection and type specificity. This knowledge will help us to unravel the process of HPV infection and can potentially be used to drive the development of therapeutics that target neutralization-sensitive sites.

履歴

登録	2017年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5y9e.ent.gz	715.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5y9e_full_validation.pdf.gz	510.2 KB	表示
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CIF形式データ	5y9e_validation.cif.gz	116.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6809C 6814C 5y9cC 5y9fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6igc-8 6igc-4 6igc-1 6igc-7 6igc-2 6igc-6 6ige-2 6igd-2 6ige-1 6igf-2 6igc-3 6igd-1 2r5j-1 6igf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

ヘテロ分子

279 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.213, 101.804, 136.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 55250.492 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 36-524 / 変異: C202S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26535
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 14.5% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→30 Å / Num. obs: 159674 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 19.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.042→29.781 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1983	12229	7.67 %
R_work	0.1684	-	-
obs	0.1707	159523	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.042→29.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16623	0	149	1101	17873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	17174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.525	23269
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.654	10161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0416-2.0648	0.3203	343	0.2849	4062	X-RAY DIFFRACTION	83
2.0648-2.089	0.29	405	0.2631	4773	X-RAY DIFFRACTION	97
2.089-2.1145	0.3026	410	0.2537	4801	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1145-2.1413	0.2667	375	0.2366	4838	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1413-2.1694	0.2614	404	0.2257	4955	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1694-2.1991	0.2442	410	0.2158	4840	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1991-2.2306	0.2645	398	0.2116	4902	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2306-2.2638	0.263	395	0.2041	4972	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2638-2.2992	0.2383	383	0.1965	4877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2992-2.3369	0.2229	411	0.1861	4917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3369-2.3772	0.2387	394	0.1906	4982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3772-2.4204	0.2429	446	0.1883	4921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4204-2.4669	0.2585	406	0.1868	4950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4669-2.5172	0.217	413	0.1733	4881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.5719	0.2108	407	0.169	4984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5719-2.6317	0.2261	427	0.1708	4940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6317-2.6975	0.2145	380	0.1683	4963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6975-2.7704	0.2077	387	0.1698	5001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7704-2.8518	0.2193	398	0.1689	4987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8518-2.9438	0.2166	402	0.1772	4939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9438-3.0489	0.2106	427	0.165	4950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0489-3.1709	0.2018	429	0.1598	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1709-3.315	0.1781	435	0.1638	4960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.315-3.4895	0.1881	384	0.1586	4963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4895-3.7078	0.1741	410	0.1532	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7078-3.9934	0.159	465	0.1467	4925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9934-4.3942	0.1523	403	0.1381	5008	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3942-5.0274	0.1488	447	0.1212	4969	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0274-6.324	0.1706	416	0.1501	5006	X-RAY DIFFRACTION	100
6.324-29.7842	0.2107	419	0.1916	5089	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7559	0.9132	0.1873	0.8041	0.3275	0.6436	0.0824	0.0709	-0.254	0.0553	-0.0736	0.0288	0.1866	-0.2673	-0.0628	0.329	-0.0982	-0.0054	0.4717	-0.0332	0.3518	35.6332	-3.1961	44.6189
2	0.6695	0.2868	-0.3683	0.1533	0.0866	0.6174	0.1175	-0.1317	-0.0708	-0.009	-0.0811	-0.0587	0.0828	0.2293	-0.0184	0.273	-0.0139	-0.0092	0.4002	0.0196	0.2993	74.9851	8.9329	57.4867
3	1.2525	0.0541	0.0591	0.0831	0.0633	0.6005	0.0722	0.0997	-0.2917	-0.0257	-0.0148	-0.0309	0.1855	-0.0523	-0.0682	0.3318	-0.0391	-0.0408	0.3321	-0.0237	0.3466	61.7888	-2.0037	45.3512
4	1.668	-0.1133	0.019	0.0812	-0.2864	0.536	0.0572	0.2075	-0.0758	-0.0334	-0.0119	-0.0051	0.0694	-0.0657	-0.0397	0.3061	-0.0175	-0.0196	0.3682	-0.0647	0.3206	70.6432	8.6936	44.7825
5	1.6239	1.4436	0.7698	2.2208	1.5535	1.4666	-0.0595	0.5203	-0.0345	-0.0223	0.1043	0.0574	-0.1342	-0.2154	-0.0539	0.2701	-0.074	-0.0284	0.5066	-0.0349	0.3219	41.1899	-0.6663	36.6154
6	1.2336	0.493	0.6189	0.7411	0.578	1.4713	-0.0407	-0.1131	0.0243	0.0369	-0.0471	0.0746	-0.0871	-0.1398	0.0729	0.2749	-0.0421	0.0134	0.4866	-0.0003	0.2913	47.1834	10.3807	61.1385
7	1.1382	0.4076	0.03	0.8055	0.6709	0.9851	-0.0005	0.2191	-0.3239	0.0263	-0.0327	0.0791	0.3094	-0.2946	0.0261	0.3517	-0.1397	-0.0153	0.5444	-0.0617	0.4265	32.0158	-6.6502	38.5085
8	1.33	0.0863	0.3485	0.6427	0.0684	0.9054	-0.1292	-0.0382	0.1744	-0.0892	0.0566	0.1568	-0.1952	-0.1985	0.0018	0.2887	0.0716	0.0068	0.5109	-0.0098	0.3922	31.659	37.4078	50.1491
9	1.0432	0.2061	0.8498	0.4311	-0.1289	0.8537	-0.0881	-0.3667	0.4031	0.0599	0.0074	0.0727	-0.155	-0.4473	0.0928	0.3256	0.0938	0.0418	0.566	-0.1018	0.4308	35.1793	39.1009	59.3238
10	0.2253	0.0305	-0.1488	0.3583	0.0595	0.2496	0.0436	0.025	0.1182	-0.0288	-0.0241	0.2134	-0.1539	-0.26	-0.0029	0.3215	0.0663	-0.0014	0.5901	-0.0286	0.4751	31.448	37.458	48.0871
11	0.3453	-0.106	-0.3312	0.5937	0.2666	0.283	0.0987	-0.3951	0.0585	0.0798	-0.0169	-0.0714	0.0583	-0.1016	-0.0635	0.2757	-0.0435	-0.0031	0.3778	0.0012	0.2883	62.2301	22.1088	61.957
12	2.096	-0.4865	0.277	1.6301	-0.0207	0.8041	0.0319	-0.3371	-0.2176	0.2051	-0.024	0.1606	0.0386	-0.2822	-0.0166	0.2927	-0.0354	0.0337	0.5555	-0.0065	0.3163	41.1656	19.9318	62.6178
13	0.8471	-0.304	0.1254	0.4346	0.0882	0.2098	0.031	-0.1441	-0.0412	0.0065	-0.0095	0.0844	0.0491	-0.1849	-0.0153	0.2861	-0.0369	0.0008	0.4768	0.0027	0.3024	51.7287	19.6768	57.2034
14	3.2299	0.4761	-0.1814	0.8047	-0.4008	0.2158	-0.0911	0.2116	-0.1912	-0.2056	0.085	0.1902	-0.0723	-0.3337	-0.0025	0.2666	0.038	0.0042	0.5914	-0.0232	0.4251	28.1502	29.7441	44.7734
15	0.7931	0.0694	0.1997	0.2937	-0.0839	0.4982	-0.0022	-0.0198	0.2168	0.0172	0.0094	0.0303	-0.1671	-0.047	-0.0076	0.3302	0.0296	0.009	0.4346	-0.0608	0.4104	50.7764	44.8856	56.6505
16	1.3746	0.538	0.2708	1.2272	-0.0768	0.1464	-0.0008	-0.2229	0.2107	0.0069	-0.0068	0.4303	-0.0284	-0.2851	0.0339	0.3049	0.1022	0.0061	0.6335	-0.0208	0.5052	21.7126	36.2382	47.0681
17	0.4838	0.0486	0.0906	0.7172	-0.0067	1.7738	0.0023	0.416	-0.2567	-0.1863	-0.0479	-0.0227	0.3068	-0.3097	0.0068	0.4237	-0.0076	-0.0018	0.6973	-0.1972	0.42	67.667	-7.7546	16.0959
18	0.4988	-0.1596	-0.3485	0.9147	-0.4649	0.5316	0.0489	0.1051	0.0431	0.1784	-0.1193	-0.1363	-0.0269	0.0885	0.0596	0.2503	-0.0021	-0.0098	0.4289	0.0273	0.263	87.6883	16.1606	46.1708
19	0.6142	0.084	0.0678	0.2839	0.0707	0.6074	0.0325	0.3097	-0.1142	-0.0564	-0.0159	-0.0413	0.0884	0.0436	-0.0146	0.2903	0.0295	-0.006	0.5216	-0.0413	0.2869	78.3808	8.1988	29.155
20	0.4115	0.3753	-0.1991	0.4362	-0.2913	1.1239	-0.0444	0.5784	-0.2267	-0.2445	-0.0249	-0.0109	0.3404	-0.2571	0.0235	0.534	0.0066	0.0069	0.8428	-0.2369	0.4816	65.6943	-7.6435	8.5202
21	1.1471	-0.0755	0.6287	0.8183	-0.1591	1.0648	0.1396	0.4058	-0.2617	-0.2442	0.0856	0.3168	-0.0373	-0.2298	-0.1268	0.4224	0.1564	0.0459	0.9772	0.1058	0.2909	71.8361	31.8836	0.7018
22	0.9546	-0.5258	0.9043	0.4644	0.1015	1.8938	0.0171	0.3509	0.1587	-0.1231	-0.0306	-0.1529	-0.3147	0.7028	0.0785	0.3766	-0.0164	0.0627	0.8171	0.1287	0.3676	91.313	31.7745	15.6935
23	0.2928	-0.3972	0.45	0.9578	-0.9746	1.3558	0.2696	0.4365	-0.0204	-0.3847	-0.0745	0.1928	0.2556	-0.0511	-0.1052	0.4919	0.1679	0.0062	1.1217	0.1189	0.3298	73.1486	31.2468	-7.9028
24	0.6833	-0.0913	-0.0765	0.7737	0.2687	0.1693	-0.0971	-0.0191	0.2203	0.0228	-0	-0.0056	0.0014	0.205	0.0935	0.2745	-0.0326	0.0156	0.4598	0.0363	0.3248	86.4907	34.5472	46.8954
25	0.4575	-0.0592	0.4146	0.51	0.069	1.1799	0.0225	0.3483	0.1374	-0.0741	-0.0381	0.0121	-0.0947	0.0522	0.0004	0.3028	-0.0107	0.0429	0.5522	0.1292	0.364	78.8676	37.5666	24.5542
26	1.8869	0.5574	1.116	0.9581	0.2288	4.3957	0.1086	0.036	0.6729	0.2245	-0.0848	-0.1712	-0.8868	0.109	-0.0379	0.6441	-0.0879	0.055	0.5434	0.1485	0.6155	84.3109	56.6756	30.8299
27	0.6498	-0.0304	-0.2153	0.1169	0.1892	0.7215	0.0287	0.2255	0.2045	-0.0769	-0.0369	0.0156	-0.1744	0.1033	0.0223	0.337	-0.013	0.0128	0.4812	0.0895	0.3615	78.2628	40.0149	32.7096
28	0.1183	-0.3465	0.2534	1.7572	-2.0151	3.1276	0.012	0.3485	0.042	-0.1284	-0.0504	0.0198	-0.05	0.0771	0.049	0.367	0.0607	0.0059	0.7739	0.095	0.3304	72.047	34.9836	8.4308
29	0.6545	-0.3389	0.6575	0.4915	-0.8008	1.756	0.0983	0.4346	0.0778	-0.0364	-0.1314	-0.0605	-0.1191	0.1779	0.0571	0.3895	0.0841	0.0444	0.7779	0.0923	0.3358	84.9511	30.8147	12.0569
30	1.0049	0.3722	-0.1529	1.8979	0.5522	2.1098	0.2131	0.3363	0.0084	-0.2066	-0.271	0.0311	0.1424	0.017	0.093	0.4222	0.1353	-0.0008	0.8665	0.0324	0.2887	73.2219	21.3841	0.8112
31	0.8463	-0.5964	0.4527	0.6922	-0.4349	0.6052	0.1093	0.2989	0.2091	-0.1254	-0.0909	-0.0008	-0.2073	-0.0303	0.0204	0.4808	0.0551	0.0215	0.4736	0.1497	0.4916	58.1988	57.8407	28.0223
32	0.7036	0.1272	-0.4599	0.8165	0.1638	0.398	0.088	-0.1608	0.1798	-0.0066	-0.0928	-0.0558	-0.0682	0.1461	-0.0032	0.3039	-0.0259	0.0287	0.3817	-0.0323	0.3618	68.691	39.029	55.7908
33	0.8481	0.0285	-0.4587	0.7791	0.3391	0.5148	-0.0116	-0.5061	0.2802	0.275	0.0705	0.1177	-0.3669	-0.439	-0.0445	0.5724	0.1338	0.0661	0.5755	-0.0817	0.6046	50.2505	55.0612	57.9094
34	0.6037	0.1178	-0.0253	0.4918	-0.0411	0.5131	0.0175	0.011	0.3197	-0.0381	-0.0467	0.0555	-0.1972	-0.1195	0.0239	0.3659	0.0462	0.012	0.3971	-0.0078	0.4516	57.3318	48.1091	48.5566
35	0.7218	-0.0137	0.1166	0.6996	-0.6026	1.6508	0.0226	-0.0415	0.1922	0.0031	-0.0216	0.0049	-0.0676	-0.2357	-0.0025	0.3	-0.0056	0.0136	0.4002	-0.0245	0.3632	61.5494	35.8214	52.4147
36	2.2438	-1.6746	0.5473	1.2607	-0.4125	0.7943	-0.0097	0.0594	-0.1087	-0.177	0.0173	0.1805	-0.1698	-0.0705	-0.0233	0.444	0.085	0.005	0.539	0.1057	0.4787	49.89	52.5769	27.6667
37	0.4727	-0.2063	-0.2106	0.2954	0.1064	0.4452	0.0688	0.3133	0.1594	-0.094	-0.0371	-0.0193	-0.1822	0.1387	-0.0453	0.3831	-0.0344	0.0038	0.4641	0.1337	0.4554	76.7866	51.1916	33.7939
38	1.6984	-0.4917	-0.1576	0.4084	-0.173	0.3077	0.1666	0.4031	0.5434	-0.1689	-0.1896	0.1114	-0.3608	-0.2048	0.0003	0.6652	0.1118	-0.0177	0.5184	0.1469	0.6323	48.9423	61.6306	21.4896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 110 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 111 through 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 147 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 312 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 313 through 338 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 339 through 381 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 382 through 473 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 20 through 56 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 57 through 83 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 84 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 161 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 162 through 209 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 210 through 312 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 313 through 335 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 336 through 381 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 382 through 473 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 20 through 110 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 111 through 146 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 147 through 381 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 382 through 473 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 20 through 46 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 47 through 83 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 84 through 110 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 111 through 146 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 147 through 172 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 173 through 194 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 195 through 312 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 313 through 338 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 339 through 445 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 446 through 473 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 20 through 126 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 127 through 161 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 162 through 187 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 188 through 272 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 273 through 312 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 313 through 338 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 339 through 381 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 382 through 473 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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