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- PDB-5y97: Crystal structure of snake gourd seed lectin in complex with lactose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y97
タイトルCrystal structure of snake gourd seed lectin in complex with lactose
要素(Seed lectin) x 3
キーワードPLANT PROTEIN / beta-trefoil / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2640 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2640 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Helix non-globular / Special / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Seed lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Trichosanthes anguina (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Chandran, T. / Vijayan, M. / Sivaji, N. / Surolia, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用
ジャーナル: Glycobiology / 年: 2018
タイトル: Ligand binding and retention in snake gourd seed lectin (SGSL). A crystallographic, thermodynamic and molecular dynamics study
著者: Chandran, T. / Sivaji, N. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: The sequence and structure of snake gourd (Trichosanthes anguina) seed lectin, a three-chain nontoxic homologue of type II RIPs.
著者: Sharma, A. / Pohlentz, G. / Bobbili, K.B. / Jeyaprakash, A.A. / Chandran, T. / Mormann, M. / Swamy, M.J. / Vijayan, M.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seed lectin
B: Seed lectin
C: Seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2286
ポリマ－57,3223
非ポリマー9063
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, each lectin chain binds to a sugar molecule for type II RIPs. But SGSL binds only to single sugar molecule
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.429, 109.429, 232.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Seed lectin / SGSL


分子量: 23387.219 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 47-255 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trichosanthes anguina (植物) / 参照: UniProt: U3KRF8
#3: タンパク質 Seed lectin / SGSL


分子量: 29287.674 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 256-519 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trichosanthes anguina (植物) / 参照: UniProt: U3KRF8

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 6分子 A

#1: タンパク質・ペプチド Seed lectin / SGSL


分子量: 4647.276 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-44 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trichosanthes anguina (植物) / 参照: UniProt: U3KRF8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細There are three different polypeptide chains. A and B are contiguous and are results from cleavage. ...There are three different polypeptide chains. A and B are contiguous and are results from cleavage. C is an independent chain.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 % / 解説: hexagonal crystals
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: reservoir solution contained 4M sodium formate / PH範囲: 6.4-7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月14日
放射モノクロメーター: si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→94.77 Å / Num. obs: 16493 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 1.534 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2340 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLM7.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.7.15位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HR6

4hr6


解像度: 3.05→94.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 45.997 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25067 782 4.8 %RANDOM
Rwork0.22154 ---
obs0.22287 15645 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 118.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20.84 Å2-0 Å2
2--1.69 Å2-0 Å2
3----5.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.05→94.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 60 5 4039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194118
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9591.9615617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16938546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2255508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79525190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96415658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9561520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.695.8372041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.695.8382040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0728.7662546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0718.7662547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1386.5622077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1376.5672078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.1699.6833072
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.7217079
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.72117079
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 55 -
Rwork0.373 1122 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5528-0.605-2.1560.50711.16079.40660.187-0.58891.4492-0.42970.5239-0.5632-1.51920.9459-0.71090.7586-0.31820.25560.683-0.54460.928640.26546.32315.86
22.8801-0.32821.75982.80710.63326.4102-0.4099-0.65980.4461-0.07410.4003-0.0164-0.1734-0.62740.00960.22010.1201-0.11340.50820.06520.184833.94237.93923.472
33.22040.36911.31135.21981.8494.4806-0.50880.37940.6115-0.97320.16790.5235-0.6996-0.58680.3410.9311-0.098-0.42520.69550.35320.368920.83741.922-5.876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2B48 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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