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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y87
タイトルStructure-based Insights into Self-Cleavage by a Four-way Junctional Twister-Sister Ribozyme
要素
  • DNA/RNA (50-MER)
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
キーワードRNA / twister-sister / Riboyzme / Catalysis / self-cleaving / Mn2+ soaking
機能・相同性: / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.132 Å
データ登録者Zheng, L. / Micura, R.L. / Ren, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure-based insights into self-cleavage by a four-way junctional twister-sister ribozyme
著者: Zheng, L. / Mairhofer, E. / Teplova, M. / Zhang, Y. / Ma, J. / Patel, D.J. / Micura, R. / Ren, A.
履歴
登録2017年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年1月23日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
B: DNA/RNA (50-MER)
C: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
D: DNA/RNA (50-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,95326
ポリマ－43,7444
非ポリマー1,20922
水5,152286
1
A: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
B: DNA/RNA (50-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,58615
ポリマ－21,8722
非ポリマー71413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
D: DNA/RNA (50-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,36711
ポリマ－21,8722
非ポリマー4949
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.221, 108.963, 41.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 5784.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) metagenome (メタゲノム)
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (50-MER)


分子量: 16087.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) metagenome (メタゲノム)
#3: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M NaOAc, pH 5.2, 0.15M CaCl2, 18-22% MPD, 50-100mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.65 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.65 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 44790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 23.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.132→42.073 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.95
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 2316 5.17 %
Rwork0.2022 --
obs0.2051 44790 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.132→42.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2904 22 286 3212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0065044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4491616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1325-2.1760.37781370.32062491X-RAY DIFFRACTION98
2.176-2.22330.36551260.29352476X-RAY DIFFRACTION100
2.2233-2.2750.33951390.27512480X-RAY DIFFRACTION100
2.275-2.33190.27891310.25952575X-RAY DIFFRACTION100
2.3319-2.3950.3521420.25562427X-RAY DIFFRACTION100
2.395-2.46540.36111300.25212551X-RAY DIFFRACTION100
2.4654-2.5450.34231190.25752487X-RAY DIFFRACTION100
2.545-2.6360.42261520.27492517X-RAY DIFFRACTION100
2.636-2.74150.34431360.28152468X-RAY DIFFRACTION100
2.7415-2.86620.31271430.23992493X-RAY DIFFRACTION100
2.8662-3.01730.30011190.23162535X-RAY DIFFRACTION100
3.0173-3.20630.27461400.21212489X-RAY DIFFRACTION100
3.2063-3.45370.25581310.19142523X-RAY DIFFRACTION100
3.4537-3.80110.20271750.17832467X-RAY DIFFRACTION100
3.8011-4.35060.21181410.14692469X-RAY DIFFRACTION100
4.3506-5.47940.19341310.13752511X-RAY DIFFRACTION100
5.4794-42.08140.18791240.17562515X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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