+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y83 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of YidC from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | Membrane protein insertase YidC | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / yidc / alb3 / oxa1 / sec | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to chloroplast / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / protein insertion into membrane / protein transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.842 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, Y. / Xin, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: FASEB J. / 年: 2018 タイトル: Structure of YidC from Thermotoga maritima and its implications for YidC-mediated membrane protein insertion 著者: Xin, Y. / Zhao, Y. / Zheng, J. / Zhou, H. / Zhang, X.C. / Tian, C. / Huang, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5y83.cif.gz | 149.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5y83.ent.gz | 117.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5y83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5y83_validation.pdf.gz | 427 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5y83_full_validation.pdf.gz | 438.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5y83_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5y83_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y83 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52261.875 Da / 分子数: 1 / 変異: T24V, K25V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: yidC, TM_1461 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1H2 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 20% PEG1500(w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 10459 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 85442 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.842→42.758 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 32.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 235.72 Å2 / Biso mean: 69.7552 Å2 / Biso min: 7.59 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.842→42.758 Å
|