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万見
- PDB-5y7z: Complex structure of cyclin G-associated kinase with gefitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7z
タイトルComplex structure of cyclin G-associated kinase with gefitinib
要素
  • Cyclin-G-associated kinase
  • NANOBODY
キーワードTRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Kinase / complex / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / clathrin-coated vesicle / clathrin binding ...regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Golgi organization / chaperone cofactor-dependent protein refolding / intracellular transport / cyclin binding / receptor-mediated endocytosis / protein localization to plasma membrane / negative regulation of neuron projection development / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / protein-folding chaperone binding / vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain ...Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gefitinib / Cyclin-G-associated kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Ohbayashi, N. / Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: ChemistryOpen / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Cyclin G-Associated Kinase by Gefitinib.
著者: Ohbayashi, N. / Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Kukimoto-Niino, M. / Uejima, T. / Matsuda, T. / Ohsawa, N. / Yokoyoma, S. / Nojima, H. / Shirouzu, M.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-G-associated kinase
B: Cyclin-G-associated kinase
D: NANOBODY
C: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,06911
ポリマ－103,6954
非ポリマー1,3747
水1629
1
A: Cyclin-G-associated kinase
C: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5836
ポリマ－51,8472
非ポリマー7354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclin-G-associated kinase
D: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4875
ポリマ－51,8472
非ポリマー6393
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.353, 85.513, 149.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-G-associated kinase


分子量: 35657.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAK / 詳細 (発現宿主): cell free protein synthesis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14976, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 抗体 NANOBODY


分子量: 16189.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 詳細 (発現宿主): cell free protein synthesis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-IRE / Gefitinib / ゲフィチニブ


分子量: 446.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24ClFN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 0.085 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 25.5% PEG 8000, 15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23845 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 1587 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1-2575_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C57

4c57


解像度: 2.804→45.251 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1199 5.04 %
Rwork0.2327 --
obs0.2355 23789 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→45.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6898 0 87 9 6994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0449630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0432674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8042-2.91640.41891490.32912402X-RAY DIFFRACTION95
2.9164-3.04910.33071340.3032499X-RAY DIFFRACTION98
3.0491-3.20980.31511320.28552489X-RAY DIFFRACTION98
3.2098-3.41090.31441300.25852531X-RAY DIFFRACTION98
3.4109-3.67410.28861410.23442491X-RAY DIFFRACTION97
3.6741-4.04370.27861270.20642512X-RAY DIFFRACTION97
4.0437-4.62830.21781220.19022538X-RAY DIFFRACTION97
4.6283-5.82920.23971350.20542529X-RAY DIFFRACTION96
5.8292-45.25720.30511290.2042599X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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