PDB-5y72: DMSPP Bound AmbP3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y72

タイトル

DMSPP Bound AmbP3

要素

AmbP3

キーワード

TRANSFERASE / Prenyltransferase

機能・相同性

Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / AmbP3

機能・相同性情報

生物種

Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Wong, C.P. / Awakawa, T. / Nakashima, Y.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Two Distinct Substrate Binding Modes for the Normal and Reverse Prenylation of Hapalindoles by the Prenyltransferase AmbP3
著者: Wong, C.P. / Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Mori, T. / Zhu, Q. / Liu, X. / Abe, I.

履歴

登録	2017年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y72.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y72.ent.gz	105.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/5y72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/5y72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y4gSC 5y7cC 5y84C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y84-2 6oi2-d 2zvr-2 5d8w-2 6qtw-d 6d9x-d 6oi1-d 5nuv-d 5ynu-1 3ewb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AmbP3

B: AmbP3

ヘテロ分子

76.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AmbP3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology, light scattering
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AmbP3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.394, 55.080, 77.668
Angle α, β, γ (deg.)	105.41, 106.02, 98.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	AmbP3 分子量: 38044.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア) 遺伝子: ambP3 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: V5TDY7
#2: 化合物	ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₆P₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, PEG 8000, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→44 Å / Num. obs: 79907 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.506 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		data processing
Aimless		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y4G

5y4g

解像度: 1.65→43.953 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	3948	4.94 %
R_work	0.1814	-	-
obs	0.1825	79907	96.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4557	0	28	427	5012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	6484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.217	3751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6701	0.299	124	0.2647	2675	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6701-1.6913	0.2848	137	0.255	2618	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6913-1.7135	0.2562	159	0.226	2729	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7135-1.737	0.2764	135	0.2218	2585	X-RAY DIFFRACTION	94
1.737-1.7618	0.245	147	0.2111	2664	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7618-1.7881	0.2569	133	0.2035	2755	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7881-1.8161	0.2486	110	0.2205	2633	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8161-1.8458	0.2748	126	0.2128	2748	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8458-1.8777	0.2364	153	0.2183	2666	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8777-1.9118	0.2358	129	0.2069	2730	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9118-1.9486	0.2554	158	0.2014	2653	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9486-1.9883	0.2114	183	0.1998	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9883-2.0316	0.2414	136	0.1965	2732	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0316-2.0788	0.2058	126	0.1882	2729	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0788-2.1308	0.2495	123	0.2002	2758	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1308-2.1884	0.2378	132	0.1892	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1884-2.2528	0.2623	139	0.1901	2708	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2528-2.3255	0.2247	160	0.1956	2714	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3255-2.4086	0.2183	160	0.1893	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4086-2.5051	0.2426	142	0.1886	2701	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5051-2.6191	0.2276	135	0.1969	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6191-2.7571	0.242	139	0.1955	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7571-2.9298	0.2075	129	0.1945	2753	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9298-3.156	0.207	147	0.1902	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
3.156-3.4735	0.1866	141	0.1772	2774	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4735-3.9758	0.1827	151	0.1493	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9758-5.008	0.1365	152	0.1348	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
5.008-43.9683	0.1511	142	0.1653	2767	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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