PDB-5y69: Crystal structure of the L52M mutant of AcrIIA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y69

タイトル

Crystal structure of the L52M mutant of AcrIIA1

要素

chain A

キーワード

VIRAL PROTEIN / UNKNOWN FUCTION

機能・相同性

Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Gp23

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes J0161 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Ka, D. / An, S.Y. / Suh, J.Y. / Bae, E.

資金援助

韓国, 2件

組織	認可番号	国
Rural Development Administration	PJ01111201	韓国
the Basic Science Research Program through the National Research Foundation of Korea funded by the Ministry of Education, Science and Technology	NRF-2016R1D1A1A09916821	韓国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an anti-CRISPR protein, AcrIIA1.
著者: Ka, D. / An, S.Y. / Suh, J.Y. / Bae, E.

履歴

登録	2017年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y69.cif.gz	132.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y69.ent.gz	110.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y69_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y69_full_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示
XML形式データ	5y69_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	5y69_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y6aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y6a-d 3ayh-d 5mts-d 1lko-1 1lkp-1 1lkm-1 5di2-d 5dh7-d 4cc4-3 4tt9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chain A

B: chain A

35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.049, 56.529, 90.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	chain A 分子量: 17579.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes J0161 (バクテリア) 遺伝子: LMOG_03146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8ATW7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 6 % (w/v) PEG4000, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 24517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.659 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→34.916 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	1984	8.09 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1896	24517	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2384	0	0	188	2572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.962	3248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.378	933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.3152	122	0.2287	1552	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8963-1.9475	0.2872	151	0.2096	1521	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9475-2.0048	0.2621	137	0.2	1577	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0048-2.0695	0.2563	136	0.1813	1595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0695-2.1435	0.2299	138	0.1751	1566	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1435-2.2293	0.2131	142	0.176	1595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2293-2.3307	0.2488	140	0.1788	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3307-2.4536	0.2447	139	0.1777	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4536-2.6073	0.2115	151	0.1796	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6073-2.8085	0.2308	144	0.193	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8085-3.091	0.255	142	0.1928	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.091-3.5379	0.2321	142	0.1918	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5379-4.4559	0.2188	144	0.1688	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4559-34.9222	0.238	156	0.1924	1741	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7517	-4.0087	5.4003	8.1581	-1.8266	8.895	0.3403	-0.1946	-1.1374	-0.4613	-0.1231	0.4655	0.6948	-0.4321	-0.4904	0.268	-0.0159	-0.0065	0.2215	-0.0339	0.2631	39.9444	1.7915	37.8256
2	3.385	0.3243	-4.371	6.0815	-1.511	8.9897	0.4709	0.766	-0.0664	-0.255	-0.3485	0.0168	-0.2892	0.1647	-0.0657	0.3091	0.1075	-0.0249	0.3924	-0.101	0.2084	43.4739	9.1475	29.4938
3	7.83	6.0529	-4.0754	6.4034	-5.3734	7.0464	0.1169	0.3125	-0.2683	-0.471	-0.2815	-0.9908	0.2212	1.952	0.274	0.2667	-0.051	0.0732	0.5644	-0.0564	0.3155	51.6145	6.8792	36.3175
4	3.6066	1.3031	-1.012	2.0127	-0.8333	8.0874	-0.0061	0.0573	-0.2018	0.1587	-0.1447	-0.7858	0.2213	0.6677	-0.0266	0.1631	0.0201	-0.0169	0.2133	-0.0233	0.2088	47.1705	7.8607	47.2907
5	4.3319	1.5052	2.6814	5.0993	0.1107	7.1668	-0.0403	0.3876	0.1266	-0.4251	0.0455	-0.1052	-0.5796	-0.0589	0.0245	0.2422	0.0593	0.0582	0.1954	0.0005	0.1935	38.9474	15.027	38.7858
6	2.5738	-2.5356	2.5883	9.9494	-7.6568	9.1683	-0.1268	0.0519	-0.2	0.0857	0.3953	0.4993	0.214	-0.4247	-0.2013	0.1448	-0.014	0.0083	0.2366	-0.0158	0.1631	35.7247	5.0232	46.5315
7	6.4567	1.8364	-0.4392	9.0417	0.1753	3.703	-0.2668	0.1565	-0.4107	-0.6054	0.3071	-0.1705	0.433	-0.0506	-0.0484	0.2818	-0.0115	0.0045	0.186	-0.0083	0.1597	34.7096	-11.2798	55.2019
8	5.7079	6.9482	3.9354	9.4309	3.3949	4.7134	0.079	0.0524	0.021	-0.1248	0.0764	0.1532	-0.1883	-0.0648	-0.0703	0.1621	0.0557	-0.0023	0.1827	0.0403	0.1482	36.9355	2.1496	57.9088
9	5.2719	5.8998	-3.2546	6.8948	-3.7023	2.0646	-0.1204	-0.3696	-0.7326	-0.193	-0.3158	-1.282	0.357	0.4328	0.5235	0.321	0.0339	-0.0897	0.2859	0.0898	0.3432	41.6146	-9.9274	64.6587
10	0.1716	0.5012	-0.9258	5.3603	-2.1792	5.0645	-0.3231	-0.3398	-1.071	-0.1458	1.3216	0.6444	-0.0858	-0.6339	-0.9889	0.3737	-0.0829	-0.0828	0.3634	0.1502	0.7061	26.7086	-20.9298	65.5344
11	7.8631	6.2279	5.4353	5.0346	4.7548	5.8115	0.1704	-0.5813	0.1413	0.244	-0.41	0.3318	-0.0632	-0.4394	0.1453	0.1736	0.0481	0.022	0.2531	0.0434	0.1758	33.1087	-2.5504	66.7822
12	2.6009	-0.466	0.6428	2.9036	-1.0357	4.2667	0.0468	-0.2596	0.2027	0.4158	0.0769	-0.1114	-0.6008	0.0452	-0.0895	0.2747	-0.0226	0.0205	0.1913	-0.0496	0.1706	43.6169	21.086	57.6177
13	2.6431	-1.1237	-0.262	5.7602	1.3362	3.8182	0.0808	0.1428	0.2934	-0.3504	-0.2689	0.4109	-0.4106	-0.1198	0.1647	0.2361	-0.0316	-0.0153	0.1846	0.0127	0.2381	33.3525	33.4529	36.685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 36 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 37 through 43 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 44 through 57 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 58 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 73 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 90 through 105 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 106 through 120 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 121 through 125 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 126 through 149 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1 through 72 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 73 through 149 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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