PDB-5y5w: Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y5w

タイトル

Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H4K20(me3) peptide

要素

Histone peptide H4K20(me3)
Spindlin-1

キーワード

GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) /

reader /

histone (ヒストン)

機能・相同性

機能・相同性情報

gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle /

Wntシグナル経路 / spindle / chromatin organization /

核膜 / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Wang, C. / Zang, J.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Spindlin-1 recognizes methylations of K20 and R23 of histone H4 tail
著者: Wang, C. / Zhan, L. / Wu, M. / Ma, R. / Yao, J. / Xiong, Y. / Pan, Y. / Guan, S. / Zhang, X. / Zang, J.

履歴

登録	2017年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年3月27日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y5w.cif.gz	215.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y5w.ent.gz	169.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ns2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6elr-1 6gpf-d 4e4n-1 6hzu-1 6gr1-d 6gqu-d 4i5c-2 4ivb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spindlin-1

B: Spindlin-1

C: Spindlin-1

D: Spindlin-1

E: Histone peptide H4K20(me3)

F: Histone peptide H4K20(me3)

G: Histone peptide H4K20(me3)

111 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spindlin-1

E: Histone peptide H4K20(me3)

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer
28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Spindlin-1

F: Histone peptide H4K20(me3)

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Spindlin-1

G: Histone peptide H4K20(me3)

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Spindlin-1

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.769, 148.504, 169.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1 分子量: 26886.117 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 51-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: タンパク質・ペプチド	Histone peptide H4K20(me3) 分子量: 1212.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→84.61 Å / Num. obs: 17175 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Num. unique obs: 822 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NS2

2ns2

解像度: 3.3→84.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / SU B: 70.425 / SU ML: 0.527 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.648 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3081	903	5.3 %	RANDOM
R_work	0.21922	-	-	-
obs	0.22387	16247	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.08 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.3→84.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6351	0	0	0	6351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.941	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.053	3	13394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.896	5	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.046	24.033	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.086	15	940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.376	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.057	6.296	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.057	6.295	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.901	9.422	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.901	9.424	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.444	6.25	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.444	6.251	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.007	9.303	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.048	48.605	6911
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.048	48.613	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.298→3.383 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	58	-
R_work	0.26	1114	-
obs	-	-	94.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.933 Å / Origin y: 2.924 Å / Origin z: -16.335 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0563 Å²	0.0559 Å²	-0.0133 Å²	-	0.1016 Å²	0.0002 Å²	-	-	0.0254 Å²
L	0.0432 °²	0.0598 °²	-0.0363 °²	-	0.1222 °²	0.0093 °²	-	-	0.3494 °²
S	-0.0003 Å °	-0.0296 Å °	0.0058 Å °	-0.0393 Å °	-0.0601 Å °	0.0339 Å °	0.0037 Å °	0.1202 Å °	0.0604 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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