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万見
- PDB-5y5i: Time-resolved SFX structure of cytochrome P450nor: 20 ms after ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y5i
タイトルTime-resolved SFX structure of cytochrome P450nor: 20 ms after photo-irradiation of caged NO in the presence of NADH (NO-bound state), light data
要素NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase (NAD(P)H) activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
Model detailscytochrome P450nor in NO-bound state
データ登録者Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. ...Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / Sawai, H. / Takeda, H. / Mizohata, E. / Yamashita, A. / Kanematsu, Y. / Takano, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nureki, O. / Ikemoto, Y. / Murakami, H. / Owada, S. / Tono, K. / Yabashi, M. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Iwata, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Kubo, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate.
著者: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / ...著者: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / Sawai, H. / Takeda, H. / Mizohata, E. / Yamashita, A. / Kanematsu, Y. / Takano, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nureki, O. / Shoji, O. / Ikemoto, Y. / Murakami, H. / Owada, S. / Tono, K. / Yabashi, M. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Iwata, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Kubo, M.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
B: NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4119
ポリマ－88,8412
非ポリマー1,5697
水7,206400
1
A: NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1594
ポリマ－44,4211
非ポリマー7393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2515
ポリマ－44,4211
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.600, 102.300, 73.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase / NOR / CYPLVA1 / Cytochrome P450 55A1 / Cytochrome P450 DNIR / Cytochrome P450nor / Fungal nitric ...NOR / CYPLVA1 / Cytochrome P450 55A1 / Cytochrome P450 DNIR / Cytochrome P450nor / Fungal nitric oxide reductase


分子量: 44420.691 Da / 分子数: 2 / 断片: nitric-oxide reductase cytochrome P450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 遺伝子: CYP55A1, CYP55 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23295, nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming]
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5
詳細: 34-38% PEG 10000, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE 0.15 M Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43 Å / Num. obs: 54628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 119.4 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 82.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.543 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CL6

1cl6


解像度: 2.1→41.045 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 2345 4.97 %
Rwork0.1477 --
obs0.15 47179 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.7 Å2 / Biso mean: 37.0601 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6198 0 108 400 6706
Biso mean--31.4 43.36 -
残基数----798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8849078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.424073
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.14290.29931340.234525932727
2.1429-2.18950.24981350.207626562791
2.1895-2.24040.24521290.186626092738
2.2404-2.29640.22561440.175426362780
2.2964-2.35850.25331510.166826132764
2.3585-2.42790.20491470.165126242771
2.4279-2.50620.21171380.154826052743
2.5062-2.59580.19931380.163126462784
2.5958-2.69970.21331370.161626162753
2.6997-2.82260.23921250.162526602785
2.8226-2.97130.21951490.157126172766
2.9713-3.15740.23321430.15326382781
3.1574-3.40110.20151430.146426552798
3.4011-3.74320.1721320.132826382770
3.7432-4.28430.16561480.117726442792
4.2843-5.39580.13851210.123326732794
5.3958-41.05290.18141310.149627112842

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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