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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y5i | ||||||
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タイトル | Time-resolved SFX structure of cytochrome P450nor: 20 ms after photo-irradiation of caged NO in the presence of NADH (NO-bound state), light data | ||||||
![]() | NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / metal-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase (NAD(P)H) activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | cytochrome P450nor in NO-bound state | ||||||
![]() | Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. ...Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / Sawai, H. / Takeda, H. / Mizohata, E. / Yamashita, A. / Kanematsu, Y. / Takano, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nureki, O. / Ikemoto, Y. / Murakami, H. / Owada, S. / Tono, K. / Yabashi, M. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Iwata, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Kubo, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate. 著者: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / ...著者: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / Sawai, H. / Takeda, H. / Mizohata, E. / Yamashita, A. / Kanematsu, Y. / Takano, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Nureki, O. / Shoji, O. / Ikemoto, Y. / Murakami, H. / Owada, S. / Tono, K. / Yabashi, M. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Iwata, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Kubo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5y5fC ![]() 5y5gC ![]() 5y5hC ![]() 5y5jC ![]() 5y5kC ![]() 5y5lC ![]() 5y5mC ![]() 1cl6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
実験データセット #2 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44420.691 Da / 分子数: 2 / 断片: nitric-oxide reductase cytochrome P450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P23295, nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 34-38% PEG 10000, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE 0.15 M Ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→43 Å / Num. obs: 54628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 119.4 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 82.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.543 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CL6 解像度: 2.1→41.045 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.43
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.7 Å2 / Biso mean: 37.0601 Å2 / Biso min: 19.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→41.045 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %
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