PDB-5y5g: Structure of cytochrome P450nor in NO-bound state: damaged by hig...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y5g

タイトル

Structure of cytochrome P450nor in NO-bound state: damaged by high-dose (5.7 MGy) X-ray

要素

NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusarium oxysporum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

Model details

cytochrome P450nor low dose data

データ登録者

Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Ueno, G. / Murakami, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Sugimoto, H. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate.
著者: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / ...

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y5g.cif.gz	213.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y5g.ent.gz	165.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y5g_validation.pdf.gz	786.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y5g_full_validation.pdf.gz	788.2 KB	表示
XML形式データ	5y5g_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	5y5g_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y5fC 5y5hC 5y5iC 5y5jC 5y5kC 5y5lC 5y5mC 1cl6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y5m-1 5y5h-d 5y5k-1 1cmj-d 1f26-d 1ehe-d 1cmn-d 5y5l-1 1ehf-d 5y5m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.189, 75.477, 101.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase / NOR / CYPLVA1 / Cytochrome P450 55A1 / Cytochrome P450 DNIR / Cytochrome P450nor / Fungal nitric ...NOR / CYPLVA1 / Cytochrome P450 55A1 / Cytochrome P450 DNIR / Cytochrome P450nor / Fungal nitric oxide reductase 分子量: 44420.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 遺伝子: CYP55A1, CYP55 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P23295, nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming]
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 17% PEG 10000, 0.1 M BIS-TRIS 0.1 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月18日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 87504 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.066 / Χ²: 0.945 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.36-1.38	7	0.68	4484	0.84	0.274	0.734	0.885	98.9
1.38-1.41	7.2	0.605	4545	0.87	0.24	0.652	0.872	99.7
1.41-1.44	7.2	0.56	4500	0.909	0.221	0.603	0.901	99.4
1.44-1.47	7.2	0.442	4514	0.926	0.174	0.475	0.928	99.4
1.47-1.5	7.2	0.366	4525	0.956	0.145	0.394	0.932	99.6
1.5-1.53	7.3	0.301	4575	0.968	0.119	0.323	0.932	99.9
1.53-1.57	7.3	0.26	4528	0.973	0.102	0.28	0.926	99.8
1.57-1.61	7.3	0.227	4562	0.977	0.089	0.244	0.932	99.8
1.61-1.66	7.3	0.187	4501	0.985	0.073	0.201	0.929	99.9
1.66-1.71	7.3	0.159	4594	0.988	0.063	0.171	0.915	100
1.71-1.77	7.4	0.131	4553	0.992	0.052	0.141	0.905	100
1.77-1.85	7.4	0.108	4605	0.994	0.042	0.116	0.892	100
1.85-1.93	6.3	0.093	3662	0.994	0.038	0.1	1.032	80.2
1.93-2.03	7.4	0.068	4606	0.998	0.027	0.074	0.866	100
2.03-2.16	7.4	0.055	4585	0.998	0.022	0.06	0.869	100
2.16-2.33	6.2	0.062	2917	0.996	0.026	0.068	1.266	63.3
2.33-2.56	7.4	0.059	4627	0.997	0.023	0.063	1.496	100
2.56-2.93	7.4	0.047	4679	0.998	0.018	0.051	1.183	100
2.93-3.69	7.1	0.031	3952	0.999	0.012	0.034	0.724	84.1
3.69-50	6.8	0.025	3990	0.999	0.01	0.027	0.547	80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK	1.10.1_2155	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CL6

1cl6

解像度: 1.36→26.972 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1662	4260	5 %
R_work	0.1333	-	-
obs	0.1349	85186	92.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.46 Å² / B_iso mean: 20.0579 Å² / B_iso min: 8.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.36→26.972 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3103	0	81	868	4052
B_iso mean	-	-	13.8	33.87	-
残基数	-	-	-	-	400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3350
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	4587
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.616	1289

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3597-1.3751	0.2235	112	0.1612	2077	2189	71
1.3751-1.3913	0.2067	117	0.1643	2266	2383	79
1.3913-1.4083	0.1998	129	0.1579	2472	2601	86
1.4083-1.4261	0.217	125	0.1546	2634	2759	92
1.4261-1.4449	0.2212	157	0.1501	2783	2940	97
1.4449-1.4647	0.188	167	0.1428	2790	2957	98
1.4647-1.4856	0.18	148	0.1332	2891	3039	99
1.4856-1.5078	0.1694	133	0.1219	2842	2975	99
1.5078-1.5313	0.1939	147	0.1194	2910	3057	100
1.5313-1.5564	0.1714	163	0.1199	2830	2993	100
1.5564-1.5833	0.15	147	0.1162	2892	3039	100
1.5833-1.612	0.1362	165	0.1131	2890	3055	100
1.612-1.643	0.1587	149	0.109	2876	3025	100
1.643-1.6766	0.1441	146	0.1106	2891	3037	100
1.6766-1.713	0.1818	145	0.1217	2886	3031	100
1.713-1.7529	0.162	145	0.1183	2903	3048	100
1.7529-1.7967	0.1452	173	0.1189	2864	3037	100
1.7967-1.8453	0.1616	145	0.1221	2920	3065	100
1.8453-1.8995	0.18	112	0.1382	2249	2361	78
1.8995-1.9608	0.1939	155	0.1425	2672	2827	93
1.9608-2.0309	0.1688	136	0.1212	2932	3068	100
2.0309-2.1122	0.1685	150	0.121	2906	3056	100
2.1122-2.2083	0.1676	133	0.1328	2687	2820	93
2.2083-2.3246	0.1655	82	0.1514	1522	1604	62
2.3246-2.4702	0.1471	164	0.126	2933	3097	100
2.4702-2.6608	0.1792	157	0.1409	2912	3069	100
2.6608-2.9282	0.1798	155	0.1411	2980	3135	100
2.9282-3.3513	0.1541	153	0.136	2961	3114	100
3.3513-4.2197	0.1481	92	0.1255	1441	1533	48
4.2197-26.9775	0.1597	158	0.1485	3114	3272	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)