PDB-5y5f: Structure of cytochrome P450nor in NO-bound state: damaged by low...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y5f

タイトル

Structure of cytochrome P450nor in NO-bound state: damaged by low-dose (0.72 MGy) X-ray

要素

NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusarium oxysporum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

Model details

cytochrome P450nor low dose data

データ登録者

Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Ueno, G. / Murakami, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Sugimoto, H. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate.
著者: Tosha, T. / Nomura, T. / Nishida, T. / Saeki, N. / Okubayashi, K. / Yamagiwa, R. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Kimura, T. / Hisano, T. / Muramoto, K. / ...

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年9月19日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y5f.cif.gz	119.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y5f.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y5gC 5y5hC 5y5iC 5y5jC 5y5kC 5y5lC 5y5mC 1cl6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f24-d 5y5i-1 5y5l-1 6zi3-6 3zsn-2 1jfc-d 2y5n-2 1f26-d 3rwl-d 6l3a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.916, 75.667, 101.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase / NOR / CYPLVA1 / Cytochrome P450 55A1 / Cytochrome P450 DNIR / Cytochrome P450nor / Fungal nitric ...NOR / CYPLVA1 / Cytochrome P450 55A1 / Cytochrome P450 DNIR / Cytochrome P450nor / Fungal nitric oxide reductase 分子量: 44420.691 Da / 分子数: 1 / 断片: nitric-oxide reductase cytochrome P450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 遺伝子: CYP55A1, CYP55 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P23295, nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming]
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 17% PEG 10000, 0.1 M BIS-TRIS 0.1 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月6日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 67790 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.878 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	5.2	0.517	3313	0.863	0.237	0.571	0.736	98
1.53-1.55	5.3	0.466	3275	0.872	0.212	0.514	0.761	98.8
1.55-1.58	5.3	0.4	3344	0.9	0.181	0.441	0.769	98.2
1.58-1.62	5.3	0.354	3297	0.905	0.161	0.391	0.782	98.7
1.62-1.65	5.3	0.303	3321	0.924	0.137	0.334	0.798	98.9
1.65-1.69	5.4	0.268	3335	0.933	0.121	0.295	0.779	99
1.69-1.73	5.4	0.231	3361	0.941	0.104	0.254	0.783	99.4
1.73-1.78	5.4	0.199	3376	0.957	0.089	0.219	0.798	99.6
1.78-1.83	5.5	0.168	3367	0.968	0.076	0.185	0.797	99.5
1.83-1.89	5.5	0.147	3385	0.972	0.066	0.162	0.855	99.9
1.89-1.96	5.6	0.13	3359	0.973	0.058	0.142	0.886	99.9
1.96-2.04	5.6	0.11	3396	0.98	0.049	0.121	0.928	100
2.04-2.13	5.7	0.1	3395	0.981	0.044	0.11	0.975	100
2.13-2.24	5.7	0.091	3381	0.985	0.04	0.099	1.009	100
2.24-2.38	5.7	0.084	3443	0.985	0.037	0.092	1.042	100
2.38-2.56	5.8	0.08	3400	0.988	0.035	0.088	1.089	100
2.56-2.82	5.8	0.07	3464	0.99	0.031	0.077	1.019	100
2.82-3.23	5.9	0.063	3450	0.992	0.027	0.069	1.003	100
3.23-4.07	6	0.059	3495	0.994	0.024	0.064	1.015	100
4.07-30	5.7	0.044	3633	0.996	0.019	0.049	0.63	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CL6

1cl6

解像度: 1.5→26.973 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1856	3424	5.09 %
R_work	0.1605	-	-
obs	0.1618	67309	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.94 Å² / B_iso mean: 17.9416 Å² / B_iso min: 6.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→26.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3103	0	81	743	3927
B_iso mean	-	-	13.67	31.06	-
残基数	-	-	-	-	400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	4572
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	602
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.325	2083

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5004-1.5218	0.241	108	0.2065	2023	2131	75
1.5218-1.5445	0.2204	131	0.1958	2527	2658	95
1.5445-1.5687	0.2037	140	0.1885	2597	2737	97
1.5687-1.5944	0.2337	141	0.1817	2590	2731	98
1.5944-1.6219	0.2082	138	0.1846	2653	2791	98
1.6219-1.6514	0.2236	143	0.1826	2634	2777	98
1.6514-1.6831	0.2142	138	0.1792	2650	2788	99
1.6831-1.7175	0.2261	150	0.1803	2674	2824	99
1.7175-1.7548	0.2281	139	0.1855	2670	2809	100
1.7548-1.7956	0.2058	151	0.1792	2662	2813	100
1.7956-1.8405	0.1806	139	0.1749	2694	2833	100
1.8405-1.8903	0.1858	135	0.1679	2702	2837	100
1.8903-1.9459	0.1975	144	0.1671	2679	2823	100
1.9459-2.0087	0.1759	158	0.1693	2665	2823	100
2.0087-2.0804	0.2101	148	0.1646	2705	2853	100
2.0804-2.1637	0.1798	147	0.1596	2716	2863	100
2.1637-2.2621	0.1737	141	0.1528	2712	2853	100
2.2621-2.3813	0.1711	143	0.1577	2724	2867	100
2.3813-2.5304	0.157	151	0.1572	2699	2850	100
2.5304-2.7256	0.2041	143	0.1642	2738	2881	100
2.7256-2.9996	0.2028	145	0.1561	2737	2882	100
2.9996-3.4329	0.1573	158	0.1523	2764	2922	100
3.4329-4.3222	0.1703	145	0.1351	2781	2926	100
4.3222-26.9771	0.174	148	0.1512	2889	3037	99

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