PDB-5y51: Crystal structure of PytH_H230A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y51

タイトル

Crystal structure of PytH_H230A

要素

Pyrethroid hydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium faniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Xu, D.Q. / Ran, T.T. / He, J. / Wang, W.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of a Novel Pyrethroid Hydrolase from Sphingobium faniae JZ-2
著者: Xu, D.Q. / Ran, T.T. / He, J. / Wang, W.W.

履歴

登録	2017年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y51.cif.gz	285.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y51.ent.gz	232.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y51_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y51_full_validation.pdf.gz	544.4 KB	表示
XML形式データ	5y51_validation.xml.gz	53.6 KB	表示
CIF形式データ	5y51_validation.cif.gz	73.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y57C 5y5rC 5y5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y57-5 5y57-2 5y57-6 5y5v-6 5y5v-4 5y5v-5 2c1f-d 5y57-3 3vhn-5 3e0x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyrethroid hydrolase

B: Pyrethroid hydrolase

C: Pyrethroid hydrolase

D: Pyrethroid hydrolase

E: Pyrethroid hydrolase

F: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

187 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Pyrethroid hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.375, 168.375, 123.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Pyrethroid hydrolase 分子量: 31042.998 Da / 分子数: 6 / 変異: H230A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingobium faniae (バクテリア) / 遺伝子: pytH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VUS3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 75180 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 11027 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2247: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→19.816 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	3779	5.04 %
R_work	0.269	-	-
obs	0.272	74982	94.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11351	0	30	33	11414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	11678
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	15989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.555	6995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2129

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3291	0.4572	142	0.3543	2637	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3291-2.3597	0.4587	129	0.3521	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3597-2.3919	0.4319	155	0.3448	2614	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3919-2.4261	0.4048	120	0.3361	2683	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4261-2.4622	0.3993	141	0.3182	2666	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4622-2.5006	0.3909	123	0.3054	2656	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5006-2.5415	0.3523	153	0.3044	2633	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5415-2.5853	0.3719	156	0.3142	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5853-2.6322	0.3461	164	0.3178	2615	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6322-2.6827	0.4077	131	0.3885	2593	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6827-2.7373	0.4487	139	0.3256	2611	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7373-2.7966	0.3417	151	0.3237	2643	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7966-2.8615	0.4863	136	0.329	2632	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8615-2.9329	0.3579	133	0.3066	2637	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9329-3.0119	0.3674	145	0.3057	2629	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0119-3.1002	0.3686	126	0.2999	2637	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1002-3.1999	0.375	123	0.2956	2670	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1999-3.3137	0.358	157	0.2871	2626	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3137-3.4457	0.3521	145	0.3119	2607	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4457-3.6017	0.3454	156	0.274	2610	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6017-3.7903	0.312	132	0.3023	2618	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7903-4.0259	0.3437	151	0.2847	2606	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0259-4.3338	0.2793	150	0.2093	2633	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3338-4.7644	0.2358	125	0.1962	2634	X-RAY DIFFRACTION	93
4.7644-5.4413	0.3111	132	0.2063	2647	X-RAY DIFFRACTION	93
5.4413-6.809	0.2559	141	0.2105	2632	X-RAY DIFFRACTION	92
6.809-19.8163	0.189	123	0.1699	2736	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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