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万見
- PDB-5y4m: Discoidin domain of human CASPR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y4m
タイトルDiscoidin domain of human CASPR2
要素human CASPR2 Disc domain
キーワードCELL ADHESION / epitope for autoantibody
機能・相同性
機能・相同性情報


limbic system development / neuron recognition / clustering of voltage-gated potassium channels / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / paranode region of axon / vocalization behavior / striatum development ...limbic system development / neuron recognition / clustering of voltage-gated potassium channels / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / paranode region of axon / vocalization behavior / striatum development / thalamus development / juxtaparanode region of axon / transmission of nerve impulse / adult behavior / neuron projection morphogenesis / positive regulation of gap junction assembly / social behavior / axolemma / prepulse inhibition / voltage-gated potassium channel complex / learning / brain development / GABA-ergic synapse / cerebral cortex development / neuron projection development / presynaptic membrane / protease binding / perikaryon / transmembrane transporter binding / early endosome / cell population proliferation / cell adhesion / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Contactin-associated protein-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Liu, H. / Xu, F. / Zhang, J. / Liang, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81322047 中国
National Natural Science Foundation of China81673525 中国
引用ジャーナル: J. Autoimmun. / 年: 2019
タイトル: Structural mapping of hot spots within human CASPR2 discoidin domain for autoantibody recognition.
著者: Liang, W. / Zhang, J. / Saint-Martin, M. / Xu, F. / Noraz, N. / Liu, J. / Honnorat, J. / Liu, H.
履歴
登録2017年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human CASPR2 Disc domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2204
ポリマ－17,0341
非ポリマー1863
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area6940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.250, 59.680, 62.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 human CASPR2 Disc domain / Contactin-associated protein-like 2


分子量: 17033.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNTNAP2, CASPR2, KIAA0868 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHC6
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% PEG8000,100 mM Na2HPO4/KH2PO4, pH 6.2, 200 mM NaCl
PH範囲: 5.8-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→50 Å / Num. obs: 33381 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 35.36
反射 シェル解像度: 1.31→1.33 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 1598 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.227 / Rrim(I) all: 0.586 / Rsym value: 0.501 / Χ2: 1.005 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000data processing
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→43.195 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1658 1586 4.76 %
Rwork0.1365 --
obs0.1379 33331 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→43.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 12 207 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8581695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.627454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3087-1.35090.21711350.17242779X-RAY DIFFRACTION98
1.3509-1.39920.20791280.14812878X-RAY DIFFRACTION100
1.3992-1.45520.18471400.13412863X-RAY DIFFRACTION100
1.4552-1.52150.16651670.12632831X-RAY DIFFRACTION100
1.5215-1.60170.16511640.12342821X-RAY DIFFRACTION100
1.6017-1.7020.15211410.1192892X-RAY DIFFRACTION100
1.702-1.83350.1371200.11372893X-RAY DIFFRACTION100
1.8335-2.0180.16761560.12292898X-RAY DIFFRACTION100
2.018-2.310.15121490.12762900X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.91020.19161360.15162945X-RAY DIFFRACTION100
2.9102-43.21870.15941500.14333045X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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