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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y4h | |||||||||
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タイトル | Human SIRT3 in complex with halistanol sulfate | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / sirtuin / NAD-dependent deacetylase / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 propionate biosynthetic process / propionate-CoA ligase / propionate-CoA ligase activity / acetate biosynthetic process / positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / Ethanol oxidation ...propionate biosynthetic process / propionate-CoA ligase / propionate-CoA ligase activity / acetate biosynthetic process / positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / Ethanol oxidation / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / acetyl-CoA biosynthetic process / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / AMP binding / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transferase activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kudo, N. / Ito, A. / Yoshida, M. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Antibiot. / 年: 2018 タイトル: Halistanol sulfates I and J, new SIRT1-3 inhibitory steroid sulfates from a marine sponge of the genus Halichondria 著者: Nakamura, F. / Kudo, N. / Tomachi, Y. / Nakata, A. / Takemoto, M. / Ito, A. / Tabei, H. / Arai, D. / de Voogd, N. / Yoshida, M. / Nakao, Y. / Fusetani, N. #1: ジャーナル: J. Antibiot. / 年: 2018 タイトル: Correction to: Halistanol sulfates I and J, new SIRT1-3 inhibitory steroid sulfates from a marine sponge of the genus Halichondria 著者: Nakamura, F. / Kudo, N. / Tomachi, Y. / Nakata, A. / Takemoto, M. / Ito, A. / Tabei, H. / Arai, D. / de Voogd, N. / Yoshida, M. / Nakao, Y. / Fusetani, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5y4h.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5y4h.ent.gz | 49.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5y4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/5y4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/5y4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3gluS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31612.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 118-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1562.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NUB1*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-8QF / [( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Potassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 11529 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.3 % / Net I/σ(I): 88.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GLU 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.164 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.284 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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