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- PDB-5y27: Crystal structure of Se-Met Dpb4-Dpb3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y27
タイトルCrystal structure of Se-Met Dpb4-Dpb3
要素
  • DNA polymerase epsilon subunit D
  • Putative transcription factor C16C4.22
キーワードDNA BINDING PROTEIN / heterodimer / histone fold complex / DNA binging / epigenetic
機能・相同性
機能・相同性情報


CMG complex assembly / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER ...CMG complex assembly / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / mitotic DNA replication initiation / leading strand elongation / nuclear replication fork / heterochromatin formation / chromatin DNA binding / DNA-templated DNA replication / protein heterodimerization activity / DNA damage response / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon subunit C / DNA polymerase epsilon subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, Y. / Gao, F. / Su, M. / Zhang, F.B. / Chen, Y.H.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Coordinated regulation of heterochromatin inheritance by Dpb3-Dpb4 complex.
著者: He, H. / Li, Y. / Dong, Q. / Chang, A.Y. / Gao, F. / Chi, Z. / Su, M. / Zhang, F. / Ban, H. / Martienssen, R. / Chen, Y.H. / Li, F.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon subunit D
B: Putative transcription factor C16C4.22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1863
ポリマ－38,0942
非ポリマー921
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.291, 86.291, 59.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon subunit D / DNA polymerase II subunit D


分子量: 27506.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dpb4, SPBC3D6.09
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他)
参照: UniProt: P87174, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 Putative transcription factor C16C4.22 / Dpb3


分子量: 10587.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPCC16C4.22
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他)
参照: UniProt: C6Y4D0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
Preparation: The Solvent content/Matthews coefficient are the deposited values. Because the residues of A 107-240 had been degraded in the crystal.
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: PEG 3350, ches

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 20156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 49.9 % / Net I/σ(I): 72
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 50 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Num. unique obs: 2032 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.365 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 974 4.86 %
Rwork0.1918 --
obs0.1943 20047 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1509 0 6 220 1735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0082084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.128606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-2.00040.28861580.2372690X-RAY DIFFRACTION99
2.0004-2.12580.26821490.21722705X-RAY DIFFRACTION100
2.1258-2.28990.261080.20122739X-RAY DIFFRACTION100
2.2899-2.52030.23141360.20712711X-RAY DIFFRACTION100
2.5203-2.88480.24741640.22701X-RAY DIFFRACTION100
2.8848-3.63410.25011330.18562745X-RAY DIFFRACTION100
3.6341-37.37230.21551260.16422782X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5221-0.16991.08061.0368-0.18251.08960.0256-0.2111-0.03420.0422-0.00060.04460.0263-0.1662-0.01590.05080.0363-0.01270.21510.04440.072612.866735.564538.8838
21.3577-0.00470.75320.7424-0.17751.37150.10440.139-0.1877-0.10920.04870.16910.1327-0.069-0.14450.06550.0705-0.04770.22190.01550.13139.231931.899634.7505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 9:106)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq -4:87)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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