PDB-5y0u: The solution structure of AEBP2 C2H2 zinc fingers

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0u

タイトル

The solution structure of AEBP2 C2H2 zinc fingers

要素

Zinc finger protein AEBP2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / C2H2 / AEBP2 / PRC2 / zinc finger

機能・相同性

機能・相同性情報

ESC/E(Z) complex / PRC2 methylates histones and DNA / transcription coregulator activity / PKMTs methylate histone lysines / chromatin organization / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Sun, A. / Shi, Y. / Wu, J.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical insights into human zinc finger protein AEBP2 reveals interactions with RBBP4.
著者: Sun, A. / Li, F. / Liu, Z. / Jiang, Y. / Zhang, J. / Wu, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0u.cif.gz	635 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0u.ent.gz	529.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y0u_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y0u_full_validation.pdf.gz	645.7 KB	表示
XML形式データ	5y0u_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	5y0u_validation.cif.gz	75.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y1uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lg7-d 1bxe-d 5g3q-1 5u2c-1 2h9u-d 3zta-d 3oer-d 1fi5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36108the solution structure of AEBP2 C2H2 zinc fingers

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (6)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Zinc finger protein AEBP2

ヘテロ分子

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Zinc finger protein AEBP2 / Adipocyte enhancer-binding protein 2 / AE-binding protein 2 分子量: 12188.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 258-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AEBP2 / プラスミド: P28 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q6ZN18
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質

Zinc finger protein AEBP2 / Adipocyte enhancer-binding protein 2 / AE-binding protein 2

分子量: 12188.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 258-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AEBP2 / プラスミド: P28
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q6ZN18

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	3	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	6	2	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Zinc finger protein AEBP2, 5 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] DTT, 0.025 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] TRIS, 0.1 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] sodium chloride, 90% H2O/10% D2O	13C_15N_sample	90% H2O/10% D2O
solution	2	0.8 mM [U-0% 13C; U-0% 15N] Zinc finger protein AEBP2, 90% H2O/10% D2O	1H_sample	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.6 mM	Zinc finger protein AEBP2	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
5 mM	DTT	[U-0% 13C; U-0% 15N]	1
0.025 mM	TRIS	[U-0% 13C; U-0% 15N]	1
0.1 mM	sodium chloride	[U-0% 13C; U-0% 15N]	1
0.8 mM	Zinc finger protein AEBP2	[U-0% 13C; U-0% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.3 / 圧: 101325 Pa / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	BRUNGER A. T. ET.AL.	精密化
CYANA			構造決定
Sparky			構造決定

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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