PDB-5y0e: Crystal structure of TssK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0e

タイトル

Crystal structure of TssK

要素

TssK

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / baseplate

機能・相同性

Type VI secretion system TssK / Bacterial Type VI secretion, VC_A0110, EvfL, ImpJ, VasE / TssK

機能・相同性情報

生物種

Serratia sp. FS14 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tong, H. / Xu, D. / Ran, T. / Wang, W.W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TssK at 2.5 Angstroms resolution.
著者: Xu, D. / Tong, H. / Ran, T. / Wang, W.W.

履歴

登録	2017年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0e.cif.gz	262.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0e.ent.gz	212.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pfv-d 5zm8-1 6rbn-d 6abh-2 2y8r-d 3mbw-1 4p5m-d 2ahr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TssK

B: TssK

C: TssK

ヘテロ分子

155 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.832, 151.832, 313.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-649- HOH

#1: タンパク質	TssK 分子量: 51482.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia sp. FS14 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3F2YLT8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.54 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75 / 詳細: PEG4000, Li2SO4, 2-Proponal

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 74200 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 40 % / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 41 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_2247: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.97 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	3591	4.85 %
R_work	0.219	-	-
obs	0.221	74104	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10241	0	25	140	10406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.135	14400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.139	6329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1577
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5329	0.3881	135	0.3297	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5329-2.5675	0.3563	132	0.3173	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5675-2.6041	0.3823	125	0.3091	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6041-2.6429	0.3434	146	0.3119	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.6841	0.3407	112	0.3068	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6841-2.728	0.3608	123	0.2849	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.7749	0.3522	147	0.2846	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7749-2.8252	0.3055	140	0.2718	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8252-2.8794	0.3112	128	0.263	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8794-2.938	0.2939	126	0.2839	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.938-3.0017	0.3017	133	0.2842	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0017-3.0713	0.3427	147	0.2748	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0713-3.1478	0.3119	126	0.2617	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1478-3.2325	0.2639	144	0.262	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2325-3.3272	0.261	160	0.2533	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3272-3.4341	0.3004	157	0.2442	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4341-3.5562	0.2706	142	0.2274	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5562-3.6977	0.2816	147	0.2224	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6977-3.8649	0.2296	144	0.2059	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8649-4.067	0.2485	152	0.1981	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.067-4.3194	0.237	124	0.1908	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3194-4.649	0.2429	145	0.1886	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.649-5.1098	0.2331	131	0.1809	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1098-5.833	0.2586	128	0.205	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.833-7.2891	0.2358	136	0.2043	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2891-19.9727	0.1953	161	0.1585	2957	X-RAY DIFFRACTION	100

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