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- PDB-5xzu: Crystal structure of GH10 xylanase from Bispora. sp MEY-1 with xy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xzu
タイトルCrystal structure of GH10 xylanase from Bispora. sp MEY-1 with xylobiose
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / GH10 family / xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bispora sp. MEY-1 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者You, S. / Chen, C.C. / Tu, T. / Guo, R.T. / Luo, H.Y. / Yao, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31472127 中国
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2018
タイトル: Insight into the functional roles of Glu175 in the hyperthermostable xylanase XYL10C-Delta N through structural analysis and site-saturation mutagenesis.
著者: You, S. / Chen, C.C. / Tu, T. / Wang, X. / Ma, R. / Cai, H.Y. / Guo, R.T. / Luo, H.Y. / Yao, B.
履歴
登録2017年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6918
ポリマ－75,2432
非ポリマー1,4486
水10,935607
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area25550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.274, 83.136, 65.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-524-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylanase


分子量: 37621.500 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 19-424 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bispora sp. MEY-1 (菌類) / 遺伝子: xyl10C / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: D0QF43, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 19% PEG 3350, 0.4 M magnesium chloride, 0.1 M BIS-TRIS HYDROCHLORIDE pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1.00919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 79182 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 5.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.973 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18323 4011 5.1 %RANDOM
Rwork0.12376 ---
obs0.12691 75179 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å22.2 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5286 0 93 608 5987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9387578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.811311284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7875665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68125.484279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82715800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2971512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.026375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1263.0062666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1233.0052665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4884.53329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4884.53330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.333.4262872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.333.4262872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7734.9984250
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.71537.4716569
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.65337.0096455
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.349310436
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.555439
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.046510447
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 283 -
Rwork0.17 5561 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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