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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xz2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of adenylate kinase | ||||||
要素 | Adenylate kinase isoenzyme 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / AMP metabolic process / purine nucleotide metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process ...: / AMP metabolic process / purine nucleotide metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Moon, S. / Bae, E. / Kim, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structural analyses of adenylate kinases from Antarctic and tropical fishes for understanding cold adaptation of enzymes 著者: Moon, S. / Kim, J. / Bae, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xz2.cif.gz | 162.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xz2.ent.gz | 128.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xz2_validation.pdf.gz | 956.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xz2_full_validation.pdf.gz | 960.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xz2_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xz2_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xz2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21670.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: ak1, AK1, zgc:91930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q68EH2, adenylate kinase, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | There are remained extra residues (GLY and HIS) after TEV cleavage reaction. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2.5M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 41960 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4159 / Rpim(I) all: 0.31 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X6K 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.907 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.269 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→50 Å
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拘束条件 |
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