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万見
- PDB-5xyr: Crystal structure of a serine protease from Streptococcus species -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xyr
タイトルCrystal structure of a serine protease from Streptococcus species
要素Chemokine protease C
キーワードLYASE / Subtilisin like / Cell adhesion / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


C5a peptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fn3-like domain / C5a peptidase-like domain / Fn3-like domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. ...Fn3-like domain / C5a peptidase-like domain / Fn3-like domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / C5a peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structure of ScpC, a virulence protease fromStreptococcus pyogenes, reveals the functional domains and maturation mechanism.
著者: Jobichen, C. / Tan, Y.C. / Prabhakar, M.T. / Nayak, D. / Biswas, D. / Pannu, N.S. / Hanski, E. / Sivaraman, J.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemokine protease C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,2637
ポリマ－182,9081
非ポリマー3566
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area60350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)191.625, 191.625, 250.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chemokine protease C


分子量: 182907.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: scpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3HV58

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非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.65
詳細: 0.2 M MgCl hexahydrate, 0.1 M Tris, pH 8.65, 28% PEG 3500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 79790 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.608

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XXZ

5xxz


解像度: 2.8→19.991 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 1956 2.94 %
Rwork0.2088 --
obs0.2102 66560 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10481 0 16 21 10518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32314519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8276407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.86980.37221340.32274448X-RAY DIFFRACTION97
2.8698-2.94720.32851390.2994568X-RAY DIFFRACTION100
2.9472-3.03360.35591380.28764557X-RAY DIFFRACTION100
3.0336-3.13120.32051390.27184582X-RAY DIFFRACTION100
3.1312-3.24260.32831390.26074581X-RAY DIFFRACTION100
3.2426-3.37190.28461390.25034587X-RAY DIFFRACTION100
3.3719-3.52460.30661390.23324604X-RAY DIFFRACTION100
3.5246-3.70930.28021410.21944620X-RAY DIFFRACTION100
3.7093-3.940.27671390.21114618X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.24150.22311420.19014653X-RAY DIFFRACTION100
4.2415-4.66350.23061410.17444679X-RAY DIFFRACTION100
4.6635-5.32710.22431420.17114694X-RAY DIFFRACTION100
5.3271-6.66990.24381420.20224699X-RAY DIFFRACTION99
6.6699-19.99150.20581420.17294714X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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