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万見
- PDB-5xyh: Crystal Structure of catalytic domain of 1,4-beta-Cellobiosidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xyh
タイトルCrystal Structure of catalytic domain of 1,4-beta-Cellobiosidase (CbsA) from Xanthomonas oryzae pv. oryzae
要素CbsA
キーワードHYDROLASE / exoglucanase / Xoo / cell-wall degrading enzyme / bacterial blight
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.864 Å
データ登録者Kumar, S. / Haque, A.S. / Nathawat, R. / Sankaranaryanan, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIR インド
引用
ジャーナル: Mol. Plant Pathol. / 年: 2018
タイトル: A mutation in an exoglucanase of Xanthomonas oryzae pv. oryzae, which confers an endo mode of activity, affects bacterial virulence, but not the induction of immune responses, in rice
著者: Tayi, L. / Kumar, S. / Nathawat, R. / Haque, A.S. / Maku, R.V. / Patel, H.K. / Sankaranarayanan, R. / Sonti, R.V.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of CbsA, a secretory exoglucanase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae.
著者: Kumar, S. / Haque, A.S. / Jha, G. / Sonti, R.V. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CbsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6251
ポリマ－45,6251
非ポリマー00
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.142, 90.720, 99.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CbsA


分子量: 45624.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: culture supernatant
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: BXO43 / 遺伝子: cbsA / プラスミド: pUFR034 / 詳細 (発現宿主): overexpression
発現宿主: Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株 (発現宿主): BXO2700
参照: UniProt: A0A384E106*PLUS, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: polyethylene glycol 3350 citric acid / PH範囲: 3.0 to 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 33848 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 31.69
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 7.75 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B4H

4b4h


解像度: 1.864→24.517 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 1628 4.84 %
Rwork0.189 --
obs0.1913 33638 94.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.864→24.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3211 0 0 442 3653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8284522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5422627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8641-1.91890.37991290.34442640X-RAY DIFFRACTION94
1.9189-1.98080.31451460.25362734X-RAY DIFFRACTION99
1.9808-2.05160.26851430.19632771X-RAY DIFFRACTION100
2.0516-2.13370.22971490.18742807X-RAY DIFFRACTION100
2.1337-2.23070.2753980.20262124X-RAY DIFFRACTION95
2.2307-2.34820.3295960.27652150X-RAY DIFFRACTION76
2.3482-2.49520.27491450.19622820X-RAY DIFFRACTION100
2.4952-2.68770.23831280.18982842X-RAY DIFFRACTION100
2.6877-2.95770.23551430.19112825X-RAY DIFFRACTION100
2.9577-3.38480.24111610.17442849X-RAY DIFFRACTION100
3.3848-4.26080.21251280.15692430X-RAY DIFFRACTION84
4.2608-24.51910.15921620.13983018X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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