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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xxv | |||||||||||||||
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タイトル | GDP-microtubule complexed with KIF5C in AMPPNP state | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Microtubule (微小管) / KIF5C / Kinesin (キネシン) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 微小管 / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.46 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Morikawa, M. / Shigematsu, H. / Nitta, R. / Hirokawa, N. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018 タイトル: Kinesin-binding-triggered conformation switching of microtubules contributes to polarized transport. 著者: Tomohiro Shima / Manatsu Morikawa / Junichi Kaneshiro / Taketoshi Kambara / Shinji Kamimura / Toshiki Yagi / Hiroyuki Iwamoto / Sotaro Uemura / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Taro ...著者: Tomohiro Shima / Manatsu Morikawa / Junichi Kaneshiro / Taketoshi Kambara / Shinji Kamimura / Toshiki Yagi / Hiroyuki Iwamoto / Sotaro Uemura / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Taro Ichimura / Tomonobu M Watanabe / Ryo Nitta / Yasushi Okada / Nobutaka Hirokawa / 要旨: Kinesin-1, the founding member of the kinesin superfamily of proteins, is known to use only a subset of microtubules for transport in living cells. This biased use of microtubules is proposed as the ...Kinesin-1, the founding member of the kinesin superfamily of proteins, is known to use only a subset of microtubules for transport in living cells. This biased use of microtubules is proposed as the guidance cue for polarized transport in neurons, but the underlying mechanisms are still poorly understood. Here, we report that kinesin-1 binding changes the microtubule lattice and promotes further kinesin-1 binding. This high-affinity state requires the binding of kinesin-1 in the nucleotide-free state. Microtubules return to the initial low-affinity state by washing out the binding kinesin-1 or by the binding of non-hydrolyzable ATP analogue AMPPNP to kinesin-1. X-ray fiber diffraction, fluorescence speckle microscopy, and second-harmonic generation microscopy, as well as cryo-EM, collectively demonstrated that the binding of nucleotide-free kinesin-1 to GDP microtubules changes the conformation of the GDP microtubule to a conformation resembling the GTP microtubule. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xxv.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xxv.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xxv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/5xxv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 18分子 ACEGIKMOQBDFHJLNPR
#1: タンパク質 | 分子量: 48638.793 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 2-439 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: P02550 #2: タンパク質 | 分子量: 47809.746 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 2-427 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554 |
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-非ポリマー , 4種, 63分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-GTP / #5: 化合物 | ChemComp-GDP / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GDP-microtubule complexed with KIF5C in AMPPNP state タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) プラスミド: pET21b |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 300 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: FREALIGN / バージョン: 9 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -25.768 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.6237 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 6.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8507 / 対称性のタイプ: HELICAL |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |