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- PDB-5xxf: Crystal structure of Poz1, Tpz1 and Rap1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xxf
タイトルCrystal structure of Poz1, Tpz1 and Rap1
要素
  • Protection of telomeres protein poz1
  • Protection of telomeres protein tpz1
  • Rap1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / telomere / sheterin / hub
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase ...telomere-telomerase complex assembly / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / telomere organization / telomere maintenance / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adrenocortical dysplasia protein / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD
類似検索 - ドメイン・相同性
Protection of telomeres protein poz1 / Protection of telomeres protein tpz1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Xue, J. / Chen, H. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Structure of the fission yeast S. pombe telomeric Tpz1-Poz1-Rap1 complex.
著者: Xue, J. / Chen, H. / Wu, J. / Takeuchi, M. / Inoue, H. / Liu, Y. / Sun, H. / Chen, Y. / Kanoh, J. / Lei, M.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein poz1
C: Protection of telomeres protein tpz1
E: Rap1
B: Protection of telomeres protein poz1
D: Protection of telomeres protein tpz1
F: Rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5888
ポリマ－70,4576
非ポリマー1312
水19811
1
A: Protection of telomeres protein poz1
C: Protection of telomeres protein tpz1
E: Rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2944
ポリマ－35,2283
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
2
B: Protection of telomeres protein poz1
D: Protection of telomeres protein tpz1
F: Rap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2944
ポリマ－35,2283
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.159, 85.741, 116.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protection of telomeres protein poz1 / Pot1-associated protein poz1


分子量: 29578.973 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-247 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: poz1, SPAC19G12.13c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O13852
#2: タンパク質・ペプチド Protection of telomeres protein tpz1 / Meiotically up-regulated gene 169 protein


分子量: 3748.382 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 478-508 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tpz1, mug169, SPAC6F6.16c, SPAC6F6.18c / プラスミド: pMAL-C2X / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14246
#3: タンパク質・ペプチド Rap1


分子量: 1901.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 % / Mosaicity: 0.291 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M Potassium nitrate, 20%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 15449 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.216.20.7320.8190.320.8010.986100
3.21-3.346.80.4960.920.2050.5370.984100
3.34-3.496.80.3790.9430.1560.410.994100
3.49-3.686.70.2490.9730.1030.271.01100
3.68-3.916.60.1670.9870.070.1811.027100
3.91-4.216.20.120.9890.0530.1310.98100
4.21-4.636.80.0930.9940.0380.1010.982100
4.63-5.36.70.0830.9940.0340.090.937100
5.3-6.676.10.0750.9940.0320.0820.796100
6.67-506.10.0560.9960.0250.0610.7999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XXE

5xxe


解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 26.523 / SU ML: 0.466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.543 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3023 748 5 %RANDOM
Rwork0.2499 ---
obs0.2526 14259 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.39 Å2 / Biso mean: 71.445 Å2 / Biso min: 30.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 2 11 4585
Biso mean--53.23 48.91 -
残基数----547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9526246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919310280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6095538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25724.385244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.32215917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1831530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021124
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 46 -
Rwork0.319 862 -
all-908 -
obs--82.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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