PDB-5xwm: human ERp44 zinc-bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xwm

タイトル

human ERp44 zinc-bound form

要素

Endoplasmic reticulum resident protein 44

キーワード

OXIDOREDUCTASE / chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein metabolic process / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to unfolded protein / response to endoplasmic reticulum stress / cell redox homeostasis / specific granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Watanabe, S. / Harayama, M. / Inaba, K.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Zinc regulates ERp44-dependent protein quality control in the early secretory pathway.
著者: Watanabe, S. / Amagai, Y. / Sannino, S. / Tempio, T. / Anelli, T. / Harayama, M. / Masui, S. / Sorrentino, I. / Yamada, M. / Sitia, R. / Inaba, K.

履歴

登録	2017年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xwm.cif.gz	596.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xwm.ent.gz	492.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xwm_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xwm_full_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示
XML形式データ	5xwm_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	5xwm_validation.cif.gz	77.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2nqu-d 2nqs-d 1g8l-d 1g8r-d 2nro-d 2nqr-d 2nqq-2 6asl-1 2nqv-d 2nqk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmic reticulum resident protein 44

B: Endoplasmic reticulum resident protein 44

C: Endoplasmic reticulum resident protein 44

D: Endoplasmic reticulum resident protein 44

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoplasmic reticulum resident protein 44

C: Endoplasmic reticulum resident protein 44

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoplasmic reticulum resident protein 44

D: Endoplasmic reticulum resident protein 44

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.150, 175.150, 407.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Endoplasmic reticulum resident protein 44 / ERp44 / Thioredoxin domain-containing protein 4 分子量: 44345.746 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 39-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERP44, KIAA0573, TXNDC4, UNQ532/PRO1075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BS26
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na malonate or Tascimate

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	0.9
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	2	0.9
シンクロトロン	Photon Factory	BL-1A	3	1.1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-1A	4	1.1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX300HE	1	CCD	2015年10月6日
RAYONIX MX300HE	2	CCD	2016年4月20日
DECTRIS EIGER X 4M	3	PIXEL	2015年12月17日
DECTRIS EIGER X 4M	4	PIXEL	2016年3月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3
4	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	4

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	1.1	1
3		1
4		1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 135470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 64.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 33.1

反射シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 59.2 % / R_merge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		data processing
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→44.056 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 19.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	6621	4.89 %
R_work	0.1823	-	-
obs	0.1838	135458	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11396	0	18	527	11941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	15822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.86	7042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.4778	0.3366	199	0.3074	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4778-2.507	0.3147	225	0.2938	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.507-2.5376	0.3194	210	0.2912	4229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5376-2.5697	0.3227	203	0.2884	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5697-2.6035	0.3323	233	0.2749	4199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6035-2.6392	0.2947	208	0.2717	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6392-2.6769	0.2942	205	0.2665	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6769-2.7168	0.3051	228	0.2605	4207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7168-2.7593	0.28	220	0.2504	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7593-2.8045	0.288	234	0.2436	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8045-2.8528	0.276	220	0.238	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8528-2.9047	0.2519	231	0.238	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9047-2.9606	0.2879	217	0.2485	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9606-3.021	0.2911	234	0.2402	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.0866	0.2545	230	0.2225	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0866-3.1584	0.2555	197	0.206	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1584-3.2374	0.2199	199	0.1953	4303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2374-3.3249	0.2308	228	0.1847	4246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3249-3.4227	0.2131	241	0.1845	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4227-3.5331	0.2218	229	0.1802	4283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5331-3.6593	0.1866	245	0.1639	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6593-3.8058	0.1918	232	0.1477	4289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8058-3.9789	0.1832	216	0.1443	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9789-4.1885	0.1568	230	0.1312	4307	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1885-4.4507	0.1597	240	0.1277	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4507-4.7939	0.1276	221	0.1151	4353	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7939-5.2757	0.1595	193	0.1232	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2757-6.0374	0.1609	185	0.1395	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0374-7.6001	0.1929	226	0.1712	4478	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6001-44.0632	0.1972	242	0.174	4717	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.461	-0.7571	-0.1876	4.8821	-0.8613	1.6503	-0.3593	-0.2711	0.198	0.0484	0.5759	-0.1854	0.3097	-0.0716	-0.1834	0.4787	0.1796	0.0023	0.5878	0.0105	0.3603	2.1238	19.4759	48.3155
2	2.8959	-0.0317	-0.5972	0.8189	-0.1901	1.0861	0.0335	0.5415	-0.2789	-0.2948	-0.0358	-0.0752	0.0663	-0.1581	-0.011	0.3558	0.0135	0.076	0.3814	-0.1487	0.3317	-13.3275	65.0166	4.1632
3	1.1005	-0.2337	-0.2323	3.4486	0.2062	0.792	-0.1421	-0.3206	-0.0989	0.4217	0.19	-0.637	0.1165	0.2108	-0.0229	0.2564	0.0624	-0.0494	0.3947	-0.0716	0.4008	-5.9834	63.4721	43.5084
4	2.5409	-0.2864	-1.1795	0.7709	0.3635	1.0956	-0.0466	0.1872	-0.0547	0.2144	-0.059	0.1657	0.1622	-0.2574	0.0643	0.3476	-0.0088	0.0641	0.3323	-0.0543	0.2634	27.3467	64.3847	-11.459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 358)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 365)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 2 through 358)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 0 through 377)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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