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万見
- PDB-5xwl: Crystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xwl
タイトルCrystal Structure of Porcine pancreatic trypsin with tripeptide inhibitor, TRE, at pH 10
要素
  • Acetylated-THR-ARG-GLU Inhibitor
  • Trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
Capsicum annuum (トウガラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Saikhedkar, N.S. / Bhoite, A.S. / Giri, A.P. / Kulkarni, K.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIRBSC0120 インド
引用ジャーナル: Insect Biochem. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Tripeptides derived from reactive centre loop of potato type II protease inhibitors preferentially inhibit midgut proteases of Helicoverpa armigera.
著者: Saikhedkar, N.S. / Joshi, R.S. / Bhoite, A.S. / Mohandasan, R. / Yadav, A.K. / Fernandes, M. / Kulkarni, K.A. / Giri, A.P.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin
C: Acetylated-THR-ARG-GLU Inhibitor
B: Trypsin
D: Acetylated-THR-ARG-GLU Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9187
ポリマ－49,7204
非ポリマー1983
水5,927329
1
A: Trypsin
C: Acetylated-THR-ARG-GLU Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0184
ポリマ－24,8602
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
2
B: Trypsin
D: Acetylated-THR-ARG-GLU Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9003
ポリマ－24,8602
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.105, 100.210, 116.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Trypsin / Porcine pancreatic trypsin


分子量: 24428.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Commercially available trypsin from Sigma (Cat. no. T4799)
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド Acetylated-THR-ARG-GLU Inhibitor


分子量: 431.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Capsicum annuum (トウガラシ)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / Density meas: 3.78 Mg/m3 / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 0.1M CHES pH 10, 70% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.62 Å / Num. obs: 42534 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4201 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DOQ

4doq


解像度: 2.1→42.191 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 2137 5.03 %
Rwork0.167 --
obs0.1683 42511 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 10 329 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8484649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3022726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.14890.311420.24932639X-RAY DIFFRACTION100
2.1489-2.20260.23091210.23252685X-RAY DIFFRACTION100
2.2026-2.26220.24311400.21712672X-RAY DIFFRACTION100
2.2622-2.32870.22291430.19552630X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.40390.2151410.18552649X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.48980.21821560.17952658X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.58950.2131470.17292659X-RAY DIFFRACTION100
2.5895-2.70730.21081310.17212672X-RAY DIFFRACTION100
2.7073-2.850.21241520.16922693X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.02850.2021440.16432665X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.26230.17941420.152709X-RAY DIFFRACTION100
3.2623-3.59040.17931400.14512710X-RAY DIFFRACTION100
3.5904-4.10960.16211490.13482703X-RAY DIFFRACTION100
4.1096-5.17610.15191330.1412769X-RAY DIFFRACTION100
5.1761-42.19910.18831560.18382861X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.36260.2173-0.05571.46270.64831.7137-0.00560.0858-0.2698-0.00710.0146-0.03850.1344-0.0591-0.00510.1222-0.009-0.00030.158-0.00210.137822.8153113.7361-3.4053
22.41140.5169-1.11042.5263-1.31523.71240.0318-0.1326-0.00260.19080.10090.324-0.2484-0.3766-0.08920.20850.0059-0.00410.28080.07330.2276-0.6662107.119724.9881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 9:231)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 9:231)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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