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- PDB-5xvu: Crystal structure of the protein kinase CK2 catalytic domain from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xvu
タイトルCrystal structure of the protein kinase CK2 catalytic domain from Plasmodium falciparum bound to ATP
要素Casein kinase 2, alpha subunit
キーワードTRANSFERASE / Casein Kinase 2 Plasmodium falciparum Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Condensation of Prometaphase Chromosomes / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein kinase CK2 complex / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...Condensation of Prometaphase Chromosomes / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein kinase CK2 complex / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Casein kinase 2, alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者El Sahili, A. / Lescar, J. / Ruiz-Carrillo, D. / Lin, J.Q.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: The protein kinase CK2 catalytic domain from Plasmodium falciparum: crystal structure, tyrosine kinase activity and inhibition.
著者: Ruiz-Carrillo, D. / Lin, J.Q. / El Sahili, A. / Wei, M. / Sze, S.K. / Cheung, P.C.F. / Doerig, C. / Lescar, J.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase 2, alpha subunit
B: Casein kinase 2, alpha subunit
C: Casein kinase 2, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,57819
ポリマ－119,1153
非ポリマー2,46316
水2,612145
1
A: Casein kinase 2, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4686
ポリマ－39,7051
非ポリマー7635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15960 Å2
手法PISA
2
B: Casein kinase 2, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5026
ポリマ－39,7051
非ポリマー7975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
3
C: Casein kinase 2, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6087
ポリマ－39,7051
非ポリマー9036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.410, 123.550, 125.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Casein kinase 2, alpha subunit / Casein kinase II / alpha subunit / putative


分子量: 39704.973 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 12-335 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF11_0096, PF3D7_1108400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IIR9, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 6種, 161分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS PH5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 28155 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 70.47 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 7.82
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.821 / CC1/2: 0.614

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NSZ

3nsz


解像度: 3→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.349
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1405 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 28101 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3552 Å20 Å20 Å2
2---1.3046 Å20 Å2
3----4.0506 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8109 0 144 145 8398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098486HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0711471HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3037SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1212HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8486HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1058SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9508SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 143 4.98 %
Rwork0.236 2728 -
all0.238 2871 -
obs--99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75840.91620.2661.5810.09661.21850.0295-0.06280.00280.0513-0.0210.03510.18340.0249-0.0085-0.06910.0169-0.0139-0.0303-0.0088-0.21271.8429-18.3997-7.989
23.1531-1.0733-0.39192.09850.5481.78290.0156-0.03560.4940.0481-0.012-0.1296-0.2467-0.0644-0.0036-0.1573-0.0178-0.0092-0.0940.067-0.1201-27.567912.4404-0.4955
31.71940.0291-0.6720.60680.47262.0601-0.0081-0.0260.236-0.07920.07580.1258-0.1683-0.0525-0.0676-0.08480.0044-0.016-0.0765-0.0007-0.095712.812-3.146532.4726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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